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Kim Yoonjung (Department of Laboratory Medicine Yonsei University College of Medicine Seoul Korea) Park Inho (Center for Precision Medicine Gangnam Severance Hospital Yonsei University College of Medicine Seoul KoreaDepartment of Pathology Gangnam Severance Hospital Yonsei University College of Medicine Seoul) Kim Boyeon (Department of Laboratory Medicine Yonsei University College of Medicine Seoul Korea) Choi Yu Jeong (Department of Laboratory Medicine Yonsei University College of Medicine Seoul Korea) Oh Seoung Chul (Department of Laboratory Medicine Gangnam Severance Hospital Seoul Korea) Lee Kyung-A (Department of Laboratory Medicine Yonsei University College of Medicine Seoul Korea)
저널정보
대한진단검사의학회 Annals of Laboratory Medicine Annals of Laboratory Medicine 제43권 제1호
발행연도
2023.1
수록면
64 - 72 (9page)
DOI
10.3343/alm.2023.43.1.64

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Background: Following success of the phase III PROfound trial, the poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitor olaparib was approved by the US Food and Drug Administration in May 2020 for adult patients with deleterious homologous recombination repair (HRR) gene-mutated metastatic castration-resistant prostate cancer (mCRPC). As locally adopted multigene panel next-generation sequencing (NGS) assays for selecting PARP inhibitor candidates have not been thoroughly evaluated, we compared the analytical performance of the FoundationOne CDx (Foundation Medicine, Inc., Cambridge, MA, USA) (central laboratory) and other NGS assays (local laboratory) with samples from the PROfound trial in Korea. Methods: One hundred PROfound samples (60 HRR mutation [HRRm] cases and 40 non-HRRm cases) were analyzed. The results of HRR gene mutation analysis were compared between the FoundationOne CDx and two other NGS assays [SureSelect Custom Design assay (Agilent Technologies, Inc., Santa Clara, CA, USA) and Oncomine Comprehensive assay (Thermo Fisher Scientific, Inc., Waltham, MA, USA)]. Results: The positive percent agreement for single nucleotide variants (SNVs) and insertion/deletions (indels) between the central laboratory and local laboratory was 98.7%–100.0%. The negative percent agreement and overall percent agreement (OPA) for SNVs and indels between central and local laboratories were both 100%. Compared with that of the FoundationOne CDx assay, the OPA for copy number variations of the Oncomine Comprehensive and SureSelect Custom assays reached 99.8%–100%. Most mCRPC patients harboring a deleterious genetic variant were successfully identified with both local laboratory assays. Conclusions: The NGS approach at a local laboratory showed comparable analytical performance for identifying HRRm status to the FoundationOne CDx assay used at the central laboratory.
#Recombinational DNA repair #Poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors #Prostatic neoplasms #Castration-resistant #High-throughput nucleotide sequencing #Ion Torrent sequencing #Illumina sequencing

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