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저자정보
Hwang Ye-Ji (Microbiology Research Department Nakdonggang National Institute of Biological Resources Sangju 37242 Republic of Korea) Lee Soo-Yeong (Microbiology Research Department Nakdonggang National Institute of Biological Resources Sangju 37242 Republic of Korea) Son Jin-Soo (Molecular Phytobacteriology Laboratory Infectious Disease Research Center KRIBB Daejeon 34141 Republic of Korea) Youn Jin-suk (School of Life Sciences Research Institute for Dok-do) Lee Woong (School of Life Sciences Research Institute for Dok-do) Shin Jae-Ho (School of Applied Biosciences College of Agriculture and Life Sciences Kyungpook National University Daegu 41566 Republic of Korea) Lee Mi-Hwa (Microbiology Research Department Nakdonggang National Institute of Biological Resources Sangju 37242 Republic of Korea) Ghim Sa-Youl (School of Life Sciences Research Institute for Dok-do)
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제33권 제2호
발행연도
2023.2
수록면
188 - 194 (7page)
DOI
10.4014/jmb.2211.11024

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Microbacterium elymi KUDC0405T was isolated from the rhizosphere of Elymus tsukushiensis from the Dokdo Islands. The KUDC0405T strain was Gram-stain-positive, non-spore forming, non-motile, and facultatively anaerobic bacteria. Strain KUDC0405T was a rod-shaped bacterium with size dimensions of 0.3–0.4 × 0.7–0.8 μm. Based on 16S rRNA gene sequences, KUDC0405T was most closely related to Microbacterium bovistercoris NEAU-LLET (97.8%) and Microbacterium pseudoresistens CC-5209T (97.6%). The dDDH (digital DNA-DNA hybridization) values between KUDC0405T and M. bovistercoris NEAU-LLET and M. pseudoresistens CC-5209T were below 17.3% and 17.5%, respectively. The ANI (average nucleotide identity) values among strains KUDC0405T , M. bovistercoris NEAU-LLET , and M. pseudoresistens CC-5209T were 86.6% and 80.7%, respectively. The AAI (average amino acid identity) values were 64.66% and 64.97%, respectively, between KUDC0405T and its closest related type strains. The genome contained 3,596 CDCs, three rRNAs, 46 tRNAs, and three non-coding RNAs (ncRNAs). The genomic DNA GC content was 70.4%. The polar lipids included diphosphatydilglycerol, glycolipid, phosphatydilglycerol, and unknown phospholipid, and the major fatty acids were anteiso-C17:0 and iso-C16:0. Strain KUDC0405T contained MK-12 as the major menaquinone. Based on genotypic, phylogenetic, and phenotypic properties, strain KUDC0405T should be considered a novel species within the genus Microbacterium, for which we propose the name M. elymi sp. nov., and the type strain as KUDC0405T (=KCTC 49411T , =CGMCC1.18472T ).
#Microbacterium #novel bacterium #Elymus tsukushiensis #Dokdo Islands

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