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Yanglem Herojit Singh (Central Agricultural University) Susheel Kumar Sharma (Manipur Centre) Bireswar Sinha (Central Agricultural University) Virendra Kumar Baranwal (ICAR-Indian Agricultural Research Institute) N. Bidyananda Singh (Manipur Centre) Ngathem Taibangnganbi Chanu (Manipur Centre) Subhra S. Roy (Manipur Centre) Meraj A. Ansari (Manipur Centre) Arati Ningombam (Manipur Centre) Ph. Sobita Devi (Central Agricultural University) Ashis Kumar Das (ICAR-Central Citrus Research Institute) Salvinder Singh (Assam Agricultural University) K. Mamocha Singh (Central Agricultural University) Narendra Prakash (Manipur Centre)
저널정보
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal The Plant Pathology Journal 제35권 제6호
발행연도
2019.12
수록면
644 - 653 (10page)

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The genetic variability of ‘Candidatus Liberibacter asiaticus’ (CLas) population associated with huanglongbing (HLB) disease of citrus in North Eastern (NE) region of India, a geographically locked region, and home for the diversity of many citrus species was analyzed on the basis of tandem repeat numbers (TRN) in variable CLIBASIA_01645 genomic loci. Fifty-five CLas strains sampled from different groves of NE Hill (NEH) region of India were in single amplicon group, but there was remarkable genetic variability in TRNs. The TRN in HLB-associated CLas strains varied from 0-21 and two novel repeat motifs were also identified. Among the NE population of CLas, TRN5 and TRN9 were most frequent (total frequency of 36.36%) followed by TRN4 (14.55%) and TRN6, TNR7 with a frequency of 12.73% each. Class II type CLas genotypes (5 < TRN ≤ 10) had highest prevalence (frequency of 60.00%) in the samples characterized in present study. Class I (TRN ≤ 5) genotypes were second highest prevalent (29.09%) in the NEH region. Further analysis of genetic diversity parameters using Nei’s measure (H value) indicated wide genetic diversity in the CLas strains of NE India (H value of 0.58-0.86). Manipur CLas strains had highest genetic variability (0.86) as compared to Eastern, Southern and Central India. The R10 values (TRN ≤ 10/TRN > 10) of NE CLas population was 10.43 (73/7), higher from other regions of India. Present study conclusively reported the occurrence of high genetic variability in TRN of CLas population in North East Indian citrus groves which have evolved to adapt to the specific ecological niche.
#'Candidatus Liberibacter asiaticus' #CLIBASIA_01645 locus #huanglongbing #North East India #tandem repeat number

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