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저자정보
Jeon Soyeon (Dankook University) Kim Songmi (Dankook University) Oh Man Hwan (Dankook University) Liang Ping (Brock University) Tang Wanxiangfu (Brock University) 한규동 (단국대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.43 No.10
발행연도
2021.10
수록면
1,133 - 1,141 (9page)
DOI
10.1007/s13258-021-01146-4

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Background Long interspersed element-1 (LINE-1 or L1) is the most abundant retrotransposons in the primate genome. They have approximately 520,000 copies and make up ~17% of the primate genome. Full-length L1s can mobilize to a new genomic location using their enzymatic machinery. Gorilla is the second closest species to humans after the chimpanzee, and human-gorilla split 7?12 million years ago. The gorilla genome provides an opportunity to explore primate origins and evolution. Objective L1s have contributed to genome diversity and variations during primate evolution. This study aimed to identify gorilla-specifc L1s using a more recent version of the gorilla reference genome (Mar. 2016 GSMRT3/gorGor5). Methods We collected gorilla-specifc L1 candidates through computational analysis and manual inspection. L1Xplorer was used to identify whether full-length gorilla-specifc L1s were intact. In addition, to determine the level of sequence conservation between intact fulllength gorilla-specifc L1s, two ORFs of intact L1s were aligned with the L1PA2 consensus sequence. Results 2002 gorilla-specifc L1 candidates were identifed through computational analysis. Among them, we manually inspected 1,883 gorilla-specifc L1s, among which most of them belong to the L1PA2 subfamily and 12 were intact L1s that could infuence genomic variations in the gorilla genome. Interestingly, the 12 intact full-length gorilla-specifc L1s have 14 highly conserved nonsynonymous mutations, including 6 mutations and 8 mutations in ORF1 and ORF2, respectively. In comparison to the intact full-length chimpanzee-specifc L1s and human-specifc hot-L1s, two of these in ORF1 (L256F and E293G) were shown as gorilla-specifc nonsynonymous mutations. Conclusion The gorilla-specifc L1s may have had signifcantly afected the gorilla genome to compose a genome diferent form that of other primates during primate evolution.
#Gorilla #Gorilla-specific #LINE-1 #Transposable elements #Primate evolution

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Beck CR / 2010 / LINE-1 retrotransposition activity in human genomes / Cell 141:1159~1170 google schola Beck CR / 2011 / LINE-1 elements in structural variation and disease / Annu Rev Genomics Hum Genet 12:187~215 google schola Belancio VP / 2008 / Mammalian non-LTR retrotransposons : for better or worse, in sickness and in health / Genome Res 18:343~358 google schola Boissinot S / 2001 / Selection against deleterious LINE-1-containing loci in the human lineage / Mol Biol Evol 18:926~935 google schola Brouha B / 2003 / Hot L1s account for the bulk of retrotransposition in the human population / Proc Natl Acad Sci USA 100:5280~5285 google schola

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