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학술저널
저자정보
채송화 (명지대학교) 김정숙 (명지대학교) 전경미 ((주) 그린진바이오텍) 이상복 (국립식량과학원 중부작물부) 김명순 ((주)지노믹트리) 남백희 (명지대학교) 김연기 (명지대학교)
저널정보
한국분자세포생물학회 Molecules and Cells Molecules and Cells 제40권 제10호
발행연도
2017.10
수록면
714 - 730 (17page)
DOI
10.14348/molcells.2017.2297

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2018

Analysis of Organ-specific and Alternatively Spliced Transcripts Using Oligomer Microarray and RNA-Seq in Rice
채송화 생명과학정보학과 2018.01 학위논문

2017

Analysis of Genes with Alternatively Spliced Transcripts in the Leaf, Root, Panicle and Seed of Rice Using a Long Oligomer Microarray and RNA-Seq
채송화 ,  김정숙 ,  전경미 외 4명 Molecules and Cells 2017.10 학술저널

초록· 키워드

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Pre-mRNA splicing further increases protein diversity acquired through evolution. The underlying driving forces for this phenomenon are unknown, especially in terms of gene expres-sion. A rice alternatively spliced transcript detection microarray (ASDM) and RNA sequencing (RNA-Seq) were applied to differentiate the transcriptome of 4 representative organs of Oryza sativa L. cv. Ilmi: leaves, roots, 1-cm-stage panicles and young seeds at 21 days after pollination. Comparison of data obtained by microarray and RNA-Seq showed a bell-shaped distribution and a co-lineation for highly expressed genes. Transcripts were classified according to the degree of organ enrichment using a coefficient value (CV, the ratio of the standard deviation to the mean values): highly variable (CVI), variable (CVII), and constitutive (CVIII) groups. A higher index of the portion of loci with alternatively spliced transcripts in a group (IAST) value was observed for the constitutive group. Genes of the highly variable group showed the characteristics of the examined organs, and alternatively spliced transcripts tended to exhibit the same organ specificity or less organ preferences, with avoidance of ‘organ distinctness’. In addition, within a locus, a tendency of higher expression was found for transcripts with a longer coding sequence (CDS), and a spliced intron was the most commonly found type of alternative splicing for an extended CDS. Thus, pre-mRNA splicing might have evolved to retain maximum functionality in terms of organ preference and multiplicity.
#alternatively spliced transcript detection microarray #coeffi-cient value #rice #RNA sequencing #transcriptome

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Anders, S. / 2012 / Detecting differential usage of exons from RNA-seq data / Genome Res 22:2008~2017 google schola Anders, S. / 2015 / HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data / Bioinformatics 31:166~169 google schola Arai-Kichise, Y. / 2014 / Genome-wide DNA polymorphisms in seven rice cultivars of temperate and tropical japonica groups / PLoS One (9):e86312 google schola Ashburner, M. / 2000 / Gene Ontology, tool for the unification of biology / Nat Genet 25:25~29 google schola Berget, S. M. / 1977 / Spliced segments at the 5' terminus of adenovirus 2 late mRNA / Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74:3171~3175 google schola

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