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저자정보
강세원 (한국생명공학연구원) Bharat Bhusan Patnaik (Chandaka Industrial Estate) 박소영 (국립낙동강생물자원관) 황희주 (순천향대학교) 정종민 (순천향대학교) 상민규 (순천향대학교) 민혜린 (순천향대학교) 박지은 (순천향대학교) 성지연 (한경대학교) 조용훈 (전남대학교) 노미영 (전남대학교) 이종대 (순천향대학교) 정기윤 (순천향대학교) 박홍석 (지앤시바이오) 한연수 (전남대학교) 이준상 (강원대학교) 이용석 (순천향대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.40 No.4
발행연도
2018.1
수록면
333 - 347 (15page)

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Ellobium chinense (Pfeiffer, 1854) is a brackish pulmonate species that inhabits the bases of mangrove trees and is most commonly found in salt grass meadows. Threats to mangrove ecosystems due to habitat degradation and overexploitation have threatened the species with extinction. In South Korea, E. chinense has been assessed as vulnerable, but there are limited data on its population structure and distribution. The nucleotide and protein sequences for this species are not available in databases, which limits the understanding of adaptation-related traits. We sequenced an E. chinense cDNA library using the Illumina platform, and the subsequent bioinformatics analysis yielded 227,032 unigenes. Of these unigenes, 69,088 were annotated to matched protein and nucleotide sequences in databases, for an annotation rate of 30.42%. Among the predominant gene ontology terms, cellular and metabolic processes (under the biological process category), membrane and cell (under the cellular component category), and binding and catalytic activity (under the molecular function category) were noteworthy. In addition, 4850 unigenes were distributed to 15 Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes based enrichment categories. Among the candidate genes related to adaptation, angiotensin I converting enzyme, adenylate cyclase activating polypeptide, and AMP-activated protein kinase were the most prominent. A total of 15,952 simple sequence repeats (SSRs) were identified in sequences of > 1 kb in length. The di- and trinucleotide repeat motifs were the most common. Among the repeat motif types, AG/CT, AC/GT, and AAC/GTT dominated. Our study provides the first comprehensive genomics dataset for E. chinense, which favors conservation programs for the restoration of the species and provides sufficient evidence for genetic variability among the wild populations.

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