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저자정보
Soo Hyun Lee (Chungnam National University) Dongwon Seo (Chungnam National University) Doo Ho Lee (Chungnam National University) Ji Min Kang (Chungnam National University) Yeong Kuk Kim (Chungnam National University) 이경태 (농촌진흥청 국립축산과학원) Tae-Hun Kim (National Institute of Animal Science) Bong-Hwan Choi (National Institute of Animal Science) Seung Hwan Lee (Chungnam National University)
저널정보
한국축산학회(구 한국동물자원과학회) 한국축산학회지 한국축산학회지 제62권 제4호
발행연도
2020.1
수록면
438 - 448 (11page)

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This study was performed to increase the accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) predictions for domestic pigs using single-breed and admixed reference populations (single-breed of Berkshire pigs [BS] with cross breed of Korean native pigs and Landrace pigs [CB]). The principal component analysis (PCA), linkage disequilibrium (LD), and genome- wide association study (GWAS) were performed to analyze the population structure prior to genomic prediction. Reference and test population data sets were randomly sampled 10 times each and precision accuracy was analyzed according to the size of the reference population (100, 200, 300, or 400 animals). For the BS population, prediction accuracy was higher for all economically important traits with larger reference population size. Prediction accuracy was ranged from ?0.05 to 0.003, for all traits except carcass weight (CWT), when CB was used as the reference population and BS as the test. The accuracy of CB for backfat thickness (BF) and shear force (SF) using admixed population as reference increased with reference population size, while the results for CWT and muscle pH at 24 hours after slaughter (pH) were equivocal with respect to the relationship between accuracy and reference population size, although overall accuracy was similar to that using the BS as the reference.
#Korean native pig #Genomic prediction #Admixed reference #Genome-wide association study

목차

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Zhong S / 2009 / Factors affecting accuracy from genomic selection in populations derived from multiple inbred lines : a barley case study / Genetics 182:355~364 google schola Hayes BJ / 2009 / Invited review : genomic selection in dairy cattle : progress and challenges / J Dairy Sci 92:433~443 google schola Hayes BJ / 2009 / Accuracy of genomic breeding values in multi-breed dairy cattle populations / Genet Sel Evol 41:51 google schola Goddard M / 2009 / Genomic selection : prediction of accuracy and maximisation of long term response / Genetica 136:245~257 google schola Moghaddar N / 2014 / Comparing genomic prediction accuracy from purebred, crossbred and combined purebred and crossbred reference populations in sheep / Genet Sel Evol 46:58 google schola

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