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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
Kim, Sang-Soo (Department of Bioinformatics and Life Science, Soongsil University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제6권 제3호
발행연도
2008.1
수록면
130 - 135 (6page)

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The haplotypes of a 200 kb region in the human chromosome X terminal band (q28) were analyzed using the International HapMap Project Phasell data, which had been collected for three analysis panels (YRI, CEU, and CHB＋JPT). When multiple linkage disequilibrium blocks were encountered for a panel, the neighboring haplotypes that had crossover rate of 5% or more in the panel were combined to generate 'haploid' configurations. This resulted in 8, 7, and 5 'haploid' configurations for the panels of YRI, CEU, and CHB＋JPT, respectively. The multiple sequence alignment of these 'haploids' was used for the calculation of allele-sharing distances and the subsequent principal coordinate analysis. Two 'haploids' in CEU and CHB＋JPT were hypothesized as 'parental' in light of the observations that the successive recombinants of these haploids can model two other haploids in CEU and CHB＋JPT, and that their configurations were consistent with those in YRI. This study demonstrates the utility of haplotype phylogeny in understanding population evolution.
#haplotype #SNP #phylogeny #haploview #HapMap

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