Gene Expression Pattern Analysis via Latent Variable Models Coupled with Topographic Clustering

Chang, Jeong-Ho; Chi, Sung Wook; Zhang, Byoung Tak

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자료유형: 학술저널

저자정보: Chang, Jeong-Ho (Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University) Chi, Sung Wook (Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University) Zhang, Byoung Tak (Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University)

저널정보: 한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제1권 제1호

발행연도: 2003.1

수록면: 32 - 39 (8page)

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We present a latent variable model-based approach to the analysis of gene expression patterns, coupled with topographic clustering. Aspect model, a latent variable model for dyadic data, is applied to extract latent patterns underlying complex variations of gene expression levels. Then a topographic clustering is performed to find coherent groups of genes, based on the extracted latent patterns as well as individual gene expression behaviors. Applied to cell cycleregulated genes of the yeast Saccharomyces cerevisiae, the proposed method could discover biologically meaningful patterns related with characteristic expression behavior in particular cell cycle phases. In addition, the display of the variation in the composition of these latent patterns on the cluster map provided more facilitated interpretation of the resulting cluster structure. From this, we argue that latent variable models, coupled with topographic clustering, are a promising tool for explorative analysis of gene expression data.

#gene expression pattern #latent variable model #Fisher kernel #topographic clustering

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Chang, Jeong-Ho

소속기관 Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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Chi, Sung Wook

소속기관 Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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Zhang, Byoung Tak

소속기관 Biointelligence Laboratory, School of Computer Science and Engineering, Seoul National University

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