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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2020.7
- 수록면
- 312 - 320 (9page)
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본 연구의 목적은 Ribosomal Database Project에서 공적으로 활용 가능한 16S rRNA 유전자 시퀀스들의 메타분석을 통해 반추위 고세균의 계통발생 다양성을 조사하는 것이다. 총 8,416개의 시퀀스가 Ribosomal Database Project(출시버전 11, 업데이트 5)로부터 회수되었고, taxonomy tree를 구축하는데 사용되었다. Species 수준의 OTUs가 97% sequence 유사성 기준으로 QIIME 프로그램을 사용하여 분석되었다. 총 8,416개의 시퀀스 중에서 8,412개의 시퀀스는 총 3개의 문으로 분류되었고, 나머지 4개의 시퀀스는 어떤 알려진 문으로 분류되지 못했다. Euryarchaeota 는 가장 우점하는 문으로, 전체 고세균 시퀀스의 99.8%를 차지하였다. 이 중에서 차례로 Methanobrevibacter 가 65.4%, Methanosphaera 가 10.4%, Methanomassillicoccus 가 10.4%, Methanomicrobium 가 7.9%, Methanobacterium 가 1.9%, Methanimicrococcus 가 0.5%, Methanosarcina 가 0.1%, Methanoculleus 가 0.1%를 차지하였다. V2와 V3 영역으로 자른 7,544개의 시퀀스는 493개의 OTUs로 분류되었다. 총 493 OTUs 중에서 단지 17개만 우점하였고, 총 7,544 시퀀스 중 1% 이상을 차지하였다. 본 연구는 반추동물로 부터 메탄발생에 크게 기여하는 반추위 우점 메탄생성균 분석에 대한 향후 연구를 인도하는데 도움을 주고, 사료나 가축품종이 달라져도 이러한 메탄생성균을 억제하는 메탄저감제를 개발하는데 도움을 줄 것이다.
목차
Abstract
요약
1. Introduction
2. Materials and Methods
3. Results and Discussion
4. Conclusion
References
참고문헌 (32)
참고문헌 신청
M. Kim, M. Morrison, Z. Yu, “Status of the phylogenetic diversity census of ruminal microbiomes, FEMS Microbiology Ecology , Vol.76, No.1, pp.49-63, Apr. 2011. DOI: http://dx.doi.org/10.1111/j.1574-6941.2010.01029.x
R. Seshadri, S. C. Leahy, G. T. Attwood, K. H. Teh, S. C. Lambie, et al., Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection Nature biotechnology , Vol.36, No.4, pp. 359-367, Apr. 2018. DOI : https://doi.org/10.1038/nbt.4110
M. Islam, S. S. Lee, “Advanced estimation and mitigation strategies: a cumulative approach to enteric methane abatement from ruminants, Journal of Animal Science and Technology , Vol.61, No.3, pp.122-137, May. 2019. DOI: https://doi.org/10.5187/jast.2019.61.3.122
A. D. Wright, C. H. Auckland, D. H. Lynn, “Molecular diversity of methanogens in feedlot cattle from Ontario and Prince Edward Island, Canada, Applied and Environmental Microbiology , Vol.73, No.13, pp.4206-4210, Jul. 2007. DOI: http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00103-07
Z. Yu, R. Garcia-Gonzalez, F. L. Schanbacher, M. Morrison, “Evaluations of different hypervariable regions of archaeal 16S rRNA genes in profiling of methanogens by Archaea-specific PCR and denaturing gradient gel electrophoresis, Applied and Environmental Microbiology , Vol.74, No.3, pp.889-893, Feb. 2008. DOI: http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00684-07
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