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Hybrid cluster protein (HCP) was investigatedbecause of its unique iron-sulfur clusters, which have beenfound in bacteria and archaea. Here, HCP homologousproteins from the third domain, "eukarya" (3 amitochondriateprotozoans, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, andTrichomonas vaginalis), were identified. All three amitochondriateprotozoan HCPs (GlHCP, EhHCP, and TvHCP) belonged toClass I on the basis of two key characters, the cysteinespacing, Cys-(Xaa)2-Cys(Xaa)7-8-Cys(Xaa)5-Cys, and the absenceof N-terminal deletion characteristic to the Class III. Inphylogenetic analysis performed with amino acid sequencesof 3 eukaryal, 5 bacterial, and 4 archaeal HCPs, the maximumlikelihood (ML) tree indicated that TvHCP was clustered withClass I HCPs, whereas the other two HCPs (GlHCP andEhHCP) formed an independent clade with a high bootstrappingvalue (96%) not belonging to any previously recognized HCPclass. In spite of the relatively lower bootstrapping value(61%), the position of the new eukaryal GlHCP-EhHCP cladewas close to Class I, including the TvHCP, and Classes II and

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