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논문 기본 정보

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저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제14권 제6호
발행연도
2004.1
수록면
1,239 - 1,248 (10page)

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The methylotrophic yeast Hansenula polymorphahas been extensively studied as a model organism for methanolmetabolism and peroxisome biogenesis. Recently, this yeasthas also attracted attention as a promising host organismfor recombinant protein production. Here, we describe thefabrication and evaluation of a DNA chip spotted with 382open reading frames (ORFs) of H. polymorpha. Each ORFwas PCR-amplified using gene-specific primer sets, of whichthe forward primers had 5'-aminolink. The PCR productswere printed in duplicate onto the aldehyde-coated slideglasses to link only the coding strands to the surface of theslide via covalent coupling between amine and aldehyde groups.With the partial genome DNA chip, we compared efficiencyof direct and indirect cDNA target labeling methods, and foundthat the indirect method, using fluorescent-labeled dendrimers,generated a higher hybridization signal-to-noise ratio than thedirect method, using cDNA targets labeled by incorporationof fluorescence-labeled nucleotides during reverse transcription.In addition, to assess the quality of this DNA chip, weanalyzed the expression profiles of H. polymorpha cellsgrown on different carbon sources, such as glucose andmethanol, and also those of cells treated with the superoxidegeneratingdrug, menadione. The profiles obtained showed ahigh-level induction of a set of ORFs involved in methanolmetabolism and oxidative stress response in the presence ofmethanol and menadione, respectively. The results demonstratethe sensitivity and reliability of our arrays to analyze globalgene expression changes of H. polymorpha under definedenvironmental conditions.
#DNA microarray #transcript profiling #Hansenulapolymorpha #target labeling #open reading framesRecent advances of DNA microarray technology provide away to explore the metabolic and genetic control ofgenome-wide gene expression [7 #17]. It is now po

목차

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A / 1988 / Methanol metabolism in mutants of the methylotrophicyeast Hansenula polymorpha ami (va) : 89 ~ 94 google schola Avila / 1998 / Clustering of the YNA1 gene encoding a Zn 2Cys6transcriptional factor in the yeast Hansenula polymorphawith the nitrate assimilation genes YNT1 and its involve google schola Bilban / 2002 / Normalizing DNA microarray data 4 : 57 ~ 64 google schola Blandin, G / 2000 / Genomic exploration ofthe hemiascomycetous yeasts: 13 487 : 76 ~ 81 google schola Chen / 2003 / Globaltranscriptional responses of fission yeast to environmentalstress 14 : 214 ~ 229 google schola

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