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저자정보
저널정보
대한암학회 Cancer Research and Treatment Cancer Research and Treatment 제49권 제4호
발행연도
2017.1
수록면
1,077 - 1,087 (11page)

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Purpose RNA editing generates protein diversity by altering RNA sequences in coding regions without changing the overall DNA sequence. Adenosine-to-inosine (A-to-I) RNA editing events have recently been reported in some types of cancer, but they are rare in human colorectal cancer (CRC). Therefore, this study was conducted to identify diverse RNA editing in CRC. Materials and Methods We compared transcriptome data of 39 CRC samples and paired adjacent tissues from The Cancer Genome Atlas database to identify RNA editing patterns in CRC, focusing on canonical A-to-I RNA edits in coding sequence regions. We investigated nonsynonymous RNA editing patterns by comparing tumor and normal tissue transcriptome data. Results The number of RNA edits varied from 12 to 42 per sample. We also observed that hypoand hyper-RNA editing patterns were distinguishable within the samples. We found 10 recurrent nonsynonymous RNA editing candidates in nine genes (PDLIM, NEIL1, SRP9, GLI1, APMAP, IGFBP7, ZNF358, COPA, and ZNF587B) and validated some by Sanger sequencing and the inosine chemical erasing assay. We further showed that editing at these positions was performed by the adenosine deaminase acting on RNA 1 enzyme. Most of these genes are hypoedited in CRC, but editing of GLI1 was increased in cancer tissues compared with normal tissues. Conclusion Our results show that nonsynonymous RNA editing patterns can be used to identify CRC patients and could serve as novel biomarkers for CRC.
#RNA editing #Colorectal neoplasms #Transcriptome sequencing #GLI family zinc finger 1 #Adenosine deaminase

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참고문헌 (27)

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Cancer Genome Atlas Network / 2012 / Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer / Nature 487 : 330 ~ 337 google schola Cenci C / 2008 / Down-regulation of RNA editing in pediatric astrocytomas : ADAR2 editing activity inhibits cell migration and proliferation / J Biol Chem 283 : 7251 ~ 7260 google schola Chan TH / 2014 / A disrupted RNA editing balance mediated by ADARs(Adenosine DeAminases that act on RNA)in human hepatocellular carcinoma / Gut 63 : 832 ~ 843 google schola Chen L / 2013 / Recoding RNA editing of AZIN1 predisposes to hepatocellular carcinoma / Nat Med 19 : 209 ~ 216 google schola Greenman C / 2007 / Patterns of somatic mutation in human cancer genomes / Nature 446 : 153 ~ 158 google schola

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