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학술저널
저자정보
Jeong-Woo Choi (Kyungpook National University Hospital) Yong-Hee Kim (Kyungpook National University School of Medicine) Ji Won Oh (Kyungpook National University Hospital)
저널정보
대한면역학회 Immune Network Immune Network Vol.17 No.4
발행연도
2017.8
수록면
237 - 249 (13page)

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Using biomarkers as prediction tools or therapeutic targets can be a valuable strategy in transplantation. Recent studies identified biomarkers of acute rejection (AR) and operational tolerance (TOL) through the application of meta-analysis. In this study, we comparatively analyzed the signature genes in acute rejection and operational tolerance seen in human allogeneic transplantations using massive bioinformatical meta-analysis. To identify the signature genes in opposite immunological conditions, AR and TOL, we first collected the 1,252 gene expression data specifically intended for those circumstances. Then we excluded based on biological cut-values, Principal Component Analysis (PCA) as well as Multi-Dimensional Scaling (MDS). Using differentially expressed genes (DEGs) from metaanalysis, we then applied a ranked scoring system to identify the signature genes of AR and TOL. We identified 53 up-regulated and 32 down-regulated signature genes in acute rejection condition. Among them, ISG20, CXCL9, CXCL10, CCL19, FCER1G, PMSE1, UBD are highly expressed in AR condition. In operational tolerance, we identified 110 up-regulated and 48 down-regulated signature genes. TCL1A, BLNK, MS4A1, EBF1, IGHM are up-regulated in TOL condition. These genes are highly representative of AR or TOL across the different organs such as liver, kidney and heart. Since immune response is the sum of complex biological and molecular dynamics, these signature genes as well as pathway analysis using a systems biology approach could be used to catch the insights of the certain pathways that would be overlooked with the conventional gene-level comparative analysis.
#Signature genes #Systems biology #Graft rejection #Transplantation tolerance

목차

ABSTRACT
INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS
DISCUSSION
ACKNOWLEDGEMENTS
REFERENCES

참고문헌 (26)

참고문헌 신청
Lechler RI, Sykes M, Thomson AW, Turka LA. Organ transplantation--how much of the promise has been realized? Nat Med 2005;11:605-613. Orlando G, Hematti P, Stratta RJ, Burke GW 3rd, Di Cocco P, Pisani F, Soker S, Wood K. Clinical operational tolerance after renal transplantation: current status and future challenges. Ann Surg 2010;252:915-928. Roedder S, Vitalone M, Khatri P, Sarwal MM. Biomarkers in solid organ transplantation: establishing personalized transplantation medicine. Genome Med 2011;3:37. Gokmen R, Hernandez-Fuentes MP. Biomarkers of tolerance. Curr Opin Organ Transplant 2013;18:416-420. Khatri P, Roedder S, Kimura N, De Vusser K, Morgan AA, Gong Y, Fischbein MP, Robbins RC, Naesens M, Butte AJ, et al. A common rejection module (CRM) for acute rejection across multiple organs identifies novel therapeutics for organ transplantation. J Exp Med 2013;210:2205-2221.

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