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본 연구에서는 한국, 일본 각 국에서 조사된 과학기술연구개발활동조사와 기업 재무제표를 활용하여 R&D 투자의 총요소생산성 제고 효과를 기업 수준에서 한·일간 비교분석하였다. 전체적으로는 NISTEP(2009)의 분석틀을 따르되 R&D 투자를 기업 자체 R&D투자와 정부 R&D지원으로 구분하였고, 대기업과 중소기업의 기업규모에 따른 효과의 차별성도 추가적으로 고려하였다. 분석결과, 경제성장에서 총요소생산성의 기여도는 일본 44.0%, 한국 41.3%로 유사한 수준이었으나, 총요소생산성 증가에서 R&D의 기여도는 일본 28.0%, 한국 10.3%로 한국이 크게 낮음을 확인하였다. 특히 정부 R&D지원의 총요소생산성 기여도는 0.25%로 극히 미미하며, 대기업보다 중소기업에 대한 정부 R&D지원이 그나마 효과가 높게 나타났다. 이는 정부 R&D의 비효율적 투자구조를 개선하고 간접적인 기술혁신 지원수단을 활성화하는 동시에 기업규모별로 차별화 된 R&D지원이 필요함을 시사한다.
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