Nitrosomonadales 목의 핵심유전체(core genome)와 범유전체(pan-genome)의 비교유전체학적 연구

이진환; 김경호

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자료유형: 학술저널

저자정보: 이진환 (국립수산과학원) 김경호 (부경대학교)

저널정보: 한국미생물학회 미생물학회지 미생물학회지 제51권 제4호

발행연도: 2015.12

수록면: 329 - 337 (9page)

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Nitrosomonadales 목에서 속하는 균주 중 현재 유전체 서열이 알려진 모든 유전체(N=10)를 이용하여 범유전체 및 핵심유전체 분석을 수행한 결과, 각각 9,808개와 908개 유전자클러스터를 포함하는 것을 확인하였다. Betaproteobacteria의 다른 목의 참조군들과 비교를 통하여 범유전체와 핵심유전체의 크기에 유전체의 수와 집단 내의 유전체들의 차이가 영향을 미치는 것을 확인하였다. Nitrosomonas 속과 Nitrosospira속의 범유전체는 7,180개와 4,586개, 핵심유전체는 1,092개와 1,600로로 각각 측정되어 Nitrosospira 속의 동질성이 더 높은 것을 확인하였다. Nitrosomonadales 목의 범유전체와 핵심 유전체의 크기에 Nitrosomonas 속이 대부분의 영향을 미치는 것을 확인하였다. COG 분석을 통하여 핵심유전체의 크기에는 J (translation, ribosomal structure and biogenesis) 범주가 가장 큰 비율(9.7–21.0%)을 차지하며, 유전체 사이의 유전적 거리가 먼 집단일수록 그 비율이 높아지는 것을 확인하였다. 범유전체의 크기에는 “–” (unclassified) 범주가 34–51%의 높은 비율을 차지하고 있을 정도로 큰 영향을 미치는 것을 확인하였다. 총 97개의 유전자 클러스터가 참조군에는 없고 Nitrosomonadales에만 존재하는 것을 확인하였다. 이들 클러스터들은 Nitrosomonadales을 특징 지우는 유전자들인 ammonia monooxygenase의 유전자인 amoA와 amoB와 그와 관련 있는 amoE와 amoD들을 포함하는 반면에 unclassified 유전자들도 상당량(16–45%)을 포함하고 있다. 이러한 유전자 클러스터는 Nitrosomonadales의 유전적 특이성을 밝히는 데 중요한 역할을 할 것이다.

#Nitrosomonadales #comparative genomics #core genome #pan-genome

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[학술지(정기간행물)] - Apweiler, R / 2004 / UniProt: the Universal Protein knowledge base / Nucleic Acids Res 32 : D115 ~ D119

[학술지(정기간행물)] - Arp, D. J / 2002 / Molecular biology and biochemistry of ammonia oxidation by Nitrosomonas europaea / Arch. Microbiol 178 : 250 ~ 255

[학술지(정기간행물)] - Bollmann, A / 2013 / Complete genome sequence of Nitrosomonas sp. Is79, an ammonia oxidizing bacterium adapted to low ammonium concentrations / Stand. Genomic Sci 7 : 469 ~ 482

[학술지(정기간행물)] - Chain, P / 2003 / Complete genome sequence of the ammonia‐oxidizing bacterium and obligate chemolithoautotroph Nitrosomonas europaea / J. Bacteriol 185 : 2759 ~ 2773

[학술지(정기간행물)] - El Sheikh, A. F / 2008 / Characterization of two new genes, amoR and amoD, in the amo operon of the marine ammonia oxidizer Nitrosococcus oceani ATCC 19707 / Appl. Environ. Microbiol 74 : 312 ~ 318

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