Parallel Algorithms for Finding Consensus of Circular Strings

김동희; 심정섭

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자료유형: 학술저널

저자정보: 김동희 (인하대학교) 심정섭 (인하대학교)

저널정보: Korean Institute of Information Scientists and Engineers Journal of KIISE Journal of KIISE Vol.42 No.3

발행연도: 2015.3

수록면: 289 - 294 (6page)

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대표문자열 문제는 k 개의 문자열로 구성된 집합 S 가 주어졌을 때 S 를 대표하는 한 문자열인 대표문자열을 찾는 문제이다. 환형문자열은 일반적인 문자열과는 달리 문자열의 첫 글자와 마지막 글자가 연결되어 원 모양을 이루는 문자열이다. 본 논문에서는 먼저 k=3 이고 길이 n인 환형문자열들로 구성된 S에 대해, 거리반경과 거리합을 동시에 고려한 대표문자열 문제를 O(n) 개의 쓰레드를 사용하여 O(｜∑｜nlogn) 시간에 병렬적으로 해결하는 알고리즘을 제시한다. 이때, ∑ 는 각 문자열을 구성하는 문자집합이다. 다음으로 k=4 이고 길이 n인 환형문자열들로 구성된 S 에 대해 거리합 기반 대표문자열 문제를 O(n)개의 쓰레드를 사용하여 O(｜∑｜n²logn) 시간에 병렬적으로 해결하는 알고리즘을 제시한다. 이후 두 문제에 대한 병렬 알고리즘들을 CUDA를 이용하여 구현하고 순차 알고리즘들과의 실행 속도를 비교한 결과를 제시한다.

#대표문자열 #다중서열배치 #해밍거리 #환형문자열 #고속푸리에변환 #CUDA #consensus #multiple string alignment #Hamming distance #circular strings #Fast Fourier Transform

참고문헌 (16)

참고문헌 신청

D. Gusfield / 1997 / Algorithms on Strings, Tree, and Sequences / Cambridge University Press

J. D. Thompson / 1997 / The CLUSTAL_X windows interface : flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools / Nucleic acids research 25(24):4876~4882

R. C. Edgar / 2004 / MUSCLE : a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity / BMC bioinformatics 5(1):113

A. Amir / 2011 / Efficient algorithms for consensus string problems minimizing both distance sum and radius / Theoretical Computer Science 412(39):5239~5246

나중채 / 2009 / 거리반경기반 대표문자열 문제의 NP-완전 / 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 36(3):135~139

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