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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
원정임 (한림대학교) 공진화 (한림대학교) 허선 (한림대학교) 윤지희 (한림대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 제20권 제9호
발행연도
2014.9
수록면
513 - 518 (6page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2014

개 회충 게놈 응용 사례에서 공개용 분석 툴을 사용한 드래프트 게놈 어셈블리 생성
원정임 ,  공진화 ,  허선 외 1명 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 2014.09 학술저널

2013

공개용 분석 툴을 사용한 드래프트 게놈 어셈블리 생성 방법
원정임 ,  공진화 ,  신재문 외 3명 한국정보과학회 학술발표논문집 2013.06 학술대회자료

초록· 키워드

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NGS 기술의 발달로 시퀀싱 비용이 급격히 하락됨에 따라 대규모 크기의 유전체 염기 서열 해독을 소규모의 실험실에서 수행할 수 있게 되었다. 디노버 어셈블리는 표준 유전체가 없는 새로운 종을 시퀀싱하는 경우 리드들의 염기 서열 정보를 이용하여 재구성함으로써 원래의 전체 시퀀스를 복원하는 것이다. 최근 이와 관련된 많은 연구 결과가 보고되고 있으나, 충분한 분석 노하우와 명확한 가이드라인 등이 공개되어 있지 않기 때문에 이들 연구에서 제시하는 동일한 어셈블리 수행 과정 및 분석 툴들을 사용하더라도 만족할만한 수준의 어셈블리 결과를 얻지 못하는 경우가 발생한다. 본 연구에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 NGS 기술과 디노버 어셈블리 기술을 이용하여 아직 밝혀지지 않은 생물체의 전체 DNA의 염기 서열을 밝히기 위한 일련의 과정들을 단계별로 소개하고, 각 단계에서 필요로 하는 공개용 분석 툴의 장단점을 분석하여 제시한다. 이러한 과정별 단계를 구체적으로 설명하기 위하여 본 연구에서는 350Mbp 크기의 개 회충 게놈을 응용 사례로 사용한다. 또한 디노버 어셈블리 과정을 통해 새롭게 어셈블리된 시퀀스와 다른 유사 종과의 상동성 분석을 수행하여 어셈블리된 시퀀스에서의 유전자 영역 추출과 추출된 유전자의 기능을 예측한다.
#디노버 어셈블리 #드래프트 게놈 #NGS 기술 #시퀀싱 #De novo assembly #draft genome #NGS technology #sequencing

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 디노버 어셈블리
3. 결론
References

참고문헌 (13)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - M. L. Metzker / 2010 / Sequencing technologies-the next generation / Nature Genetics Reviews 11 : 31 ~ 46 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - D. R. Zerb / 2008 / Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs / Genome Research 18 : 821 ~ 829 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - A. Tritt / 2012 / An integrated pipeline for denovo assembly of microbial genomes / PLos One 7 (9) : e42304 ~ google schola 4. [학술지(정기간행물)] - M. B. Scholz / 2012 / Next generation sequencing and bioinformatic bottlenecks: the current state of metagenomic data analysis / Current Opinion in Biotechnology 23 (1) : 9 ~ 15 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - 원정임 / 2013 / NGS 데이터를 이용한 대용량 게놈의 디노버 어셈블리 / 정보과학회논문지 : 데이타베이스 40 (1) : 26 ~ 35 dbpia

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