별불가사리(Asterina pectinifera)의 유문 맹낭 추출물로부터 새로운 항균활성 펩타이드를 정제하기 위해서 유문맹낭 추출물을 역상 HPLC와 이온 HPLC column에 주입하였다. 강한 항균활성을 나타내는 2개의 새로운 펩타이드가 유문 맹낭 추출물로부터 정제되었다. 이러한 물질들은 Pyloric caeca Asterina pectinifera peptides (PAP-1와 PAP-2)라 명명하였다. 정제한 물질들의 특성을 알아보기 위해서, 분자량 및 아미노산 서열 분석은 MALDI-TOF 질량분석기와 에드만 분해법으로 조사하였다. PAP-1과 PAP-2의 분자량은 각각 약 2952 Da 및 2980 Da이었다. PAP-1과 PAP-2의 부분적인 N-말단 서열은 다음과 같다. PAP-1, AIQNAGES; PAP-2, AIQNAAES. PAP-2는 PAP-1의 6번째 위치(glycine or alanine)에서 한 잔기만 다른 isoform에 해당된다. 지금까지 밝혀진 항균활성 펩타이드와의 분자량 및 N-말단 아미노산 서열을 비교한 결과, 이들 물질들은 다른 물질들과 동일성을 나타내지 않았다. 이러한 발견은 PAP-1과 PAP-2가 별불가사리의 유문맹낭의 선천성 방어계에 중요한 역할을 담당하고 있는것을 시사하고 있다.
PAP-1, a novel antimicrobial peptide isolated from pyloric caeca extract of the starfish Asterina pectinifera was purified and characterized. First, the acidified pyloric caeca extract was put through Sep-Pak C18 solid phase extraction cartridge using a stepwise gradient. Among the eluents, RM 60 (retained materials at 60% methanol) showed good antimicrobial activity against Bacillus subtilis and Escherichia coli D31 and was purified in C18 reversed-phase and ion-exchange high-performance liquid chromatography columns. The purification steps yielded two novel peptides showing strong antimicrobial activities. These peptides were named pyloric caeca A. pectinifera peptide 1 and 2 (PAP-1 and PAP-2). For the characterization of the purified peptides, the molecular weights and amino acid sequences were determined by MALDI-TOF MS and Edman degradation. The molecular weights of PAP-1 and PAP-2 were about 2951.54 Da and 2980.15 Da respectively. The amino acid sequences of PAP-1 and PAP-2 were partially determined: AIQNAGES and AIQNAAES, respectively. PAP-2 is an isoform of PAP-1, differing merely by a single residue at position 6 (glycine or alanine). The comparison of the N-terminal amino acid sequences and molecular weights of the peptides with those of other known antimicrobial peptides revealed that PAP-1 and PAP-2 have no homology with any known peptides. These findings suggest that PAP-1 and PAP-2 play a significant role in the innate defense system of starfish pyloric caeca.