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16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.
목차
Introduction
Materials and Methods
Results
Discussion
References
초록
참고문헌 (11)
참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Bosshard, P. P. / 2006 / 16S rRNA gene sequencing versus the API 20 NE system and the Vitek 2 ID-GNB card for identification of nonfermenting gramnegative bacteria in the clinical laboratory / J Clin Microbiol 44 : 1359 ~ 1366
2. [학술지(정기간행물)] - Brandl, M. T. / 2001 / Heterogeneous transcription of an indoleacetic acid biosynthetic gene in Erwinia herbicola on plant surfaces / Proc Natl Acad Sci USA 98 : 3454 ~ 3459
3. [학술지(정기간행물)] - Hidetoshi, U. / 1999 / Microbial diversity in marine sediments from Sagami Bay and Tokyo Bay, Japan, as determined by 16S rRNA gene analysis / Microbiology 145 : 3305 ~ 3315
4. [학술지(정기간행물)] - John, M. J. / 2007 / 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory : pluses, perils, and pitfalls / J Clin Microbiol 45 : 2761 ~ 2764
5. [학술지(정기간행물)] - Les, D. / 2007 / Performance of the translational apparatus varies with the ecological strategies of bacteria / J Bacteriol 189 : 3237 ~ 3245
2. [학술지(정기간행물)] - Brandl, M. T. / 2001 / Heterogeneous transcription of an indoleacetic acid biosynthetic gene in Erwinia herbicola on plant surfaces / Proc Natl Acad Sci USA 98 : 3454 ~ 3459
3. [학술지(정기간행물)] - Hidetoshi, U. / 1999 / Microbial diversity in marine sediments from Sagami Bay and Tokyo Bay, Japan, as determined by 16S rRNA gene analysis / Microbiology 145 : 3305 ~ 3315
4. [학술지(정기간행물)] - John, M. J. / 2007 / 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory : pluses, perils, and pitfalls / J Clin Microbiol 45 : 2761 ~ 2764
5. [학술지(정기간행물)] - Les, D. / 2007 / Performance of the translational apparatus varies with the ecological strategies of bacteria / J Bacteriol 189 : 3237 ~ 3245
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