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논문 기본 정보
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- 학술대회자료
- 저자정보
- 발행연도
- 2009.8
- 수록면
- 4,669 - 4,674 (6page)
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Many Evolutionary Algorithm(EA) based methods have been proposed to solve protein structure prediction(PSP) problem in HP-lattice model. One of common difficulties of those methods is the existence of invalid individuals produced by geometrical constraints in the conformation of proten(i.e. self-avoidance in the chain). A backtracking method is often used to repair the invalid individuals of genetic search in those methods. However, there is a disadvantage in basic back tracking method, the repairing computational costis very heavy for long sequence instances. This paper proposes an improved back tracking-based repairing method for long sequence protein folding. A detection procedure is added in back tracking method to a void entering invalid closed are as when selecting directions for the residues. Experi-mental results show that the proposed method can significantly reduce the number of back tracking searching operations and the computational cost for the long protein sequences.
목차
Abstract
1.INTRODUCTION
2.PROTEIN HP MODEL AND BACKTRACKING METHOD
3.IMPROVED BACKTRACKING-BASED REPAIRING METHOD
4.EXPERIMENTS
5.CONCLUSION AND FURTHER WORK
REFERENCES
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