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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
최해원 (경운대학교)
저널정보
한국산업정보학회 한국산업정보학회논문지 한국산업정보학회논문지 제15권 제1호
발행연도
2010.3
수록면
37 - 46 (10page)

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서픽스 트리는 데이터의 내부구조를 자세히 나타내고 선형시간 탐색이 가능한 효과적인 자료구조로서 DNA 서열분석 등에 유용하다. 그러나 서열을 서픽스 트리로 구축하는 경우 트리의 크기가 원본의 최소 30배 이상으로 커지므로 테라바이트(TB)급의 대용량 DNA 서열의 경우에 메모리상의 응용은 매우 어려운 문제점이 있다. 이에 본 논문에서는 디스크를 이용한 대용량 DNA의 서픽스 트리 응용기법을 제시한다. 이때 DNA 서열구조를 고려한 서픽스 트리 선형탐색 특성 유지를 보장한다. 이를 검증하기 위하여 9G Byte의 유전자 단편 서열을 이용해 424G Byte의 서픽스 트리를 디스크에 구축한 다음, 임의의 질의 서열에 대해 KMP알고리즘과 비교한 결과 질의 응답시간에서 우수한 성능을 보였다.
#서픽스 트리 #스트링 매칭 #DNA 처리 #데이터 분석 #Suffix Tree #String Matching #DNA Processing #Data Analysis #KMP

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 디스크를 이용한 서픽스 트리 생성
4. 실험 및 분석
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (10)

참고문헌 신청
1. [단행본] - Dan Gusfild / 2002 / Algorithms on Strings, Trees, and Sequence : Computer Science and Computational Biology / CAMBRIDGE University Press google schola 2. [기타자료] - Juha Karkkainen / 1996 / Sparse Suffix Tree / COCOON : 219 ~ 233 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - E. Ukkonen / 1995 / On-Line Construction of Suffix Trees / Algorithmica 14 : 249 ~ 260 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Hardison,R.C. / 1998 / Long human-mouse sequence alignments reveal novel regulatory elements: a reason to sequence the mouse genome / Genome Res. 7 : 959 ~ 966 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - Shimuzu,N. / 1999 / The DNA sequence of human chromo- some 22 / Nature 402 : 489 ~ 495 google schola

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