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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제36권 제4호
- 발행연도
- 2009.8
- 수록면
- 231 - 238 (8page)
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DNA 서열은 각 종을 나타내는 근본적인 정보이며, 다른 종 간의 DNA 서열 비교는 중요한 작업이다. DNA 서열은 길이가 매우 길며 또 종의 종류도 다양하기 때문에, DNA 서열 비교에서는 빠른 매칭 뿐만 아니라 효율적인 저장도 중요한 요소이다. 즉, 인코딩 된 DNA 서열에 적합한 빠른 문자열 매칭 방법이 필요하다. 본 논문에서는 매칭 시 디코딩이 필요하지 않은 인코딩 된 DNA 서열을 위한 빠른 매칭 알고리즘을 제시한다. 제시하는 알고리즘은 네 문자 한 바이트 인코딩을 이용하며 서픽스 기법과 다중 패턴 매칭 기법을 접목하고 있다. 실험 결과로는 본 논문에서 제시하는 방법이 AGREP보다 약 다섯 배 빠름을 보이는데, 이는 알려진 알고리즘들 중에서 가장 빠른 결과이다.
목차
요약
Abstract
1. Introduction
2. Preliminaries
3. Proposed Method
4. Experimental Results
5. Conclusions
References
참고문헌 (30)
참고문헌 신청
1. [인터넷자원] - / / BLAST
2. [인터넷자원] - / / FASTA
3. [단행본] - Gonzalo Navarro / 2002 / Flexible Pattern Matching in Strings: Practical On-Line Search Algorithms for Texts and Biological Sequences / Cambridge University Press
4. [학술지(정기간행물)] - D. E. Knuth / 1977 / Fast Pattern Matching in Strings / SIAM Journal on Computing 6 : 323 ~ 350
5. [학술지(정기간행물)] - Ricardo Baeza-Yates / 1992 / A New Approach to Text Searching / Communications of the ACM 35 (10) : 74 ~ 82
2. [인터넷자원] - / / FASTA
3. [단행본] - Gonzalo Navarro / 2002 / Flexible Pattern Matching in Strings: Practical On-Line Search Algorithms for Texts and Biological Sequences / Cambridge University Press
4. [학술지(정기간행물)] - D. E. Knuth / 1977 / Fast Pattern Matching in Strings / SIAM Journal on Computing 6 : 323 ~ 350
5. [학술지(정기간행물)] - Ricardo Baeza-Yates / 1992 / A New Approach to Text Searching / Communications of the ACM 35 (10) : 74 ~ 82
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