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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
이대상 (한국폴리텍 바이오대학) 박기정 (스몰소프트)
저널정보
한국미생물학회 미생물학회지 미생물학회지 43권 4호
발행연도
2007.12
수록면
317 - 320 (4page)

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미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame shift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교 유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당 서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다.
#assembly #base-calling error #contig #genome #homology #phrap

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1. [학술지(정기간행물)] - / 2003 / 유전정보분석시스템 30 : 68 ~ 78 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - / 1997 / Gapped BLAST and PSIBLAST a new generation of protein database search programs 25 : 3389 ~ 3402 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - / 1999 / Improved microbial gene identification with GLIMMER 27 : 4636 ~ 4641 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - / 1998 / Base calling of automatedsequencer traces using phred 8 : 186 ~ 194 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - / / Phrap Documentation Algorithms http://www.phrap.org google schola

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