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생물정보학의 발전으로 다양한 형태의 생물정보가 컴퓨터 프로그램에 의해 양산되고 있다. 단순한 서열간의 비교나 작은 규모의 자료를 처리하기 보다는 다각화된 정보와 대규모의 생물정보를 취급하고 있다. 그 중에서 시각화와 annotation를 위한 도구개발은 지난 10년간 많은 연구가 되고 있는 분야이다. 그럼에도 일반화된 도구 개발은 생물정보의 다양성과 사용자 요구의 다양화로 인해 매우 어렵다. 본 논문에서는 유전체간 알려진 정보와 다중 관계 그래프를 이용하여 이를 annotation하고 시각화하는 GenoVA 시스템을 제안한다. 다중 정렬을 위한 몇 개의 프로그램이 존재하지만 그 방법들이 서열 내의 복잡성 때문에 많은 정보가 누락된다. 따라서 제안된 방법에서는 pairwise alignment를 확장하여 모든 유전체간 비교를 통해 연관성 도출한다. 유전체간 보존되는 영역의 빈도수와 BLAST 점수가 높은 것을 블록노드라 하고 이들 간의 연관관계를 다중 관계 그래프로 표현하였다. 또한 GenoVA는 알려진 정보, COG, 유전자를 시각화하고 다중 관계 그래프의 한 영역을 중심으로 클러스터링된 경로를 계층적으로 보여주었다. 이때 누락되거나 알려지지 않은 유전자나 다른 annotation 정보 추출할 수 있다. 본 논문의 실험을 위해 열 개의 박테리아 유전체가 사용되었고 시각화와 annotation을 위한 자료로 활용하였다. GenoVA는 새로운 유전체에 대한 개략적이고 전산적 annotation을 직관적이고 편리하게 제공한다.
목차
서론
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결과
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References
참고문헌 (13)
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1. [학술지(정기간행물)] - Carver, T. J. / 2005 / ACT: the artemis comparison tool / Bioinformatics 21 : 3422 ~ 3423
2. [학술지(정기간행물)] - Chakrabarti, K / 2004 / Visualization of multiple genome annotations and alignments With the K-BROWSER / Genome Res 14 : 716 ~ 720
3. [학술지(정기간행물)] - Choudhuri, J. V. / 2004 / GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes / Bioinformatics 20 : 1964 ~ 1965
4. [학술지(정기간행물)] - Darling, A. C. / 2004 / Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements / Genome Res 14 : 1394 ~ 1403
5. [학술지(정기간행물)] - Enault, F. / 2003 / Annotation of bacterial genomes using improved phylogenomic profiles / Bioinformatics 19 : i105 ~ i107
2. [학술지(정기간행물)] - Chakrabarti, K / 2004 / Visualization of multiple genome annotations and alignments With the K-BROWSER / Genome Res 14 : 716 ~ 720
3. [학술지(정기간행물)] - Choudhuri, J. V. / 2004 / GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes / Bioinformatics 20 : 1964 ~ 1965
4. [학술지(정기간행물)] - Darling, A. C. / 2004 / Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements / Genome Res 14 : 1394 ~ 1403
5. [학술지(정기간행물)] - Enault, F. / 2003 / Annotation of bacterial genomes using improved phylogenomic profiles / Bioinformatics 19 : i105 ~ i107
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