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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
공진화 (한림대학교) 윤지희 (한림대학교) 이은주 (한림대학교) 이종근 (한림대학교) 원정임 (한양대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제38권 제6호
발행연도
2011.12
수록면
351 - 358 (8page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2011

mRNA 리드 시퀀스 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
공진화 ,  윤지희 ,  이은주 외 2명 정보과학회논문지 : 데이타베이스 2011.12 학술저널
RNA-Seq 데이터를 이용한 선택 스플라이싱 유형 분석
공진화 ,  이종근 ,  이은주 외 1명 한국정보과학회 학술발표논문집 2011.06 학술대회자료

초록· 키워드

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선택 스플라이싱은 단백질 생성 과정의 핵심 메카니즘으로서, DNA 조각들이 mRNA(messenger RNA)로 전사될 때 유전자의 엑손 영역들이 여러 가지 유형으로 다시 연결되는 과정을 말한다. 선택 스플 라이싱의 유형은 현재 7가지가 알려져 있으며, 이들 유형은 인간의 질병과 매우 밀접한 관련을 가지고 있다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 기술로 생성된 mRNA 리드 시퀀스 데이터로부터 각 유전자 영역에 대한 선택 스플라이싱 유형을 분류/추출하는 새로운 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 mRNA 리드 시퀀스 데이터를 DNA 시퀀스와 mRNA 트랜스크립트 시퀀스에 동시 매핑하고, 각 엑손 영역에 정렬된 mRNA 리드 시퀀스 데이터의 커버리지 정보 및 엑손의 접합 정보를 이용하여 발현된 트랜스크립트의 종류와 양을 측정한다. 알고리즘의 유효성을 입증하기 위하여 시뮬레이션 데이터를 이용한 실험을 수행 하였으며, 실험 결과에 의하여 제안된 방식이 발현된 선택 스플라이싱 유형과 양을 매우 효율적으로 추출함을 보인다.
#선택 스플라이싱 #mRNA 리드 시퀀스 데이터 #트랜스크립트 #차세대 시퀀싱 #Alternative splicing #mRNA read sequence data #transcript #next-generation sequencing

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 선택 스플라이싱의 유형 분석
4. 실험 및 성능 분석
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (14)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Richard Redon / 2006 / Global variation in copy number in the human genome / Nature 444 (7118) : 444 ~ 454 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - 이종근 / 2010 / 레퍼런스 시퀀스의 특성을 고려한 HLA 영역에서의 CNVR 탐지 / 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 16 (6) : 712 ~ 716 dbpia 3. [학술지(정기간행물)] - Zhong Wang / 2009 / RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomes / Nature Reviews Genetics 10 : 57 ~ 63 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Michael L.Metzker / 2010 / Sequencing technologies-the next generation / Nature Reviews Genetics 11 : 31 ~ 46 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - Ali Mortazavi / 2008 / Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq / Nature Methods 5 (7) : 621 ~ 628 google schola

이 논문의 저자 정보

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이종근 ,  홍동완 ,  윤지희 외 1명 한국정보과학회 학술발표논문집 2010 .11
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UCI(KEPA) : I410-ECN-0101-2013-569-001351201