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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
이종근 (한림대학교) 홍동완 (한림대학교) 윤지희 (한림대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 제16권 제6호
발행연도
2010.6
수록면
712 - 716 (5page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2010

레퍼런스 시퀀스의 특성을 고려한 HLA 영역에서의 CNVR 탐지
이종근 ,  홍동완 ,  윤지희 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 2010.06 학술저널

2009

레퍼런스 시퀀스의 특성을 고려한 HLA 영역에서의 CNVR 탐지
이종근 ,  홍동완 ,  윤지희 한국정보과학회 학술발표논문집 2009.11 학술대회자료

초록· 키워드

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본 논문에서는 레퍼런스 시퀀스에 기가 시퀀싱데이터를 매핑하여 얻어지는 커버리지 데이터를 이용한 모양 기반의 단위반복변이 영역 (CNVR) 추출 방식을 제안한다. 제안하는 CNVR 검색 알고리즘은 후보 영역 추출 단계와 후처리 단계로 이루어진다. 후보 영역 추출 단계에서는 추출하고자 하는 CNV의 모양을 입력 변수로 조절하여 다양한 높이 및 크기를 갖는 CNV 후보 영역을 추출한다. 다음, 후처리 단계에서는 레퍼런스 시퀀스와 기가 시퀀싱 데이터에 포함되어 있는 시퀀싱 에러 문제를 보완하기 위하여, 레퍼런스 시퀀스의 에러 영역 보정, GC-content 영역 보정 등의 정제 과정을 거친 후, 최종 CNVR을 추출한다. 제안된 방식의 유용성을 보이기 위하여 "1000 게놈 프로젝트"에 의하여 공개된 실 데이터를 이용한 다양한 실험을 수행하였으며, DGV를 이용하여 추출된 CNVR의 정확도를 검증하였다. 실험 결과에 의하면 제안된 방식은 HLA 영역에 존재하는 반복되거나 결실되는 다양한 모양의 CNV를 효율적으로 검출하였다.
#기가 시퀀싱 #유전체 단위반복변이 #모양기반 추출 #Giga-sequencing #Copy Number Variation #Shape-based extraction

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련연구
3. CNVR 탐색 방법
4. 성능 평가
5. 결론 및 향후 연구과제
참고문헌

참고문헌 (0)

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