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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
박상현 김상욱 (한양대학교)
저널정보
한국정보과학회 데이터베이스 소사이어티 데이타베이스연구 데이타베이스 연구 제21권 제1호
발행연도
2005.4
수록면
87 - 107 (21page)

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유사 검색은 분자 생물학 분야에서 사용되는 매우 중요한 연산이다. 본 논문에서는 DNA 시퀀스 데이터베이스를 대상으로 하는 효율적인 유사 검색 기법을 제안한다. 제안된 인덱스는 트라이를 기본 구조로 채택하며, 포인터 없이 트라이를 비트 스트링으로 표현하는 이진 접미어 트라이 구조를 갖는다. 유사 검색 알고리즘은 다이나믹 프로그래밍 기법에 근거하여 이진 접미어 트라이를 루트로부터 너비 우선( breadth-first) 방식으로 운행하며 경로 상에 존재하는 유사 서브시퀀스를 검색해 낸다. 또한 트라이 운행에 있어 검색 대상의 단말 노드를 빠르게 찾기 위하여 별도의 다차원 인덱스 구조를 사용한다. 제안된 기법의 우수성을 검증하기 위하여, 실험을 통한 성능 평가를 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 유사 검색 기법은 기존의 접미어 트리 기반의 유사 검색 기법과 비교하여 더 작은 저장 공간을 가지고도 수배에서 수십배의 검색 성능의 개선 효과를 가지는 것으로 나타났다.
#DNA 시퀀스 데이터베이스 #인덱싱 #트라이 #DNA Sequence Database #Indexing #Trie

목차

요약
ABSTRACT
1. 서론
2. 관련 연구
3. 인덱싱 방안
4. 질의처리 방안
5. 성능 평가
6. 결론
참고문헌

참고문헌 (0)

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