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논문 기본 정보

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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제34권 제5ㆍ6호
발행연도
2007.6
수록면
187 - 194 (8page)

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Local alignment 알고리즘은 두 문자열을 비교하여 크기가 ℓ, 유사도 점수가 s인 부분 문자열쌍을 찾는다. 크기가 충분히 크고 유사도 점수도 높은 부분 문자열 쌍을 찾기 위해 단위 길이당 유사도점수 s/ℓ을 최대화하는 정규화 방법이 제안되어있다. 본 논문에서는 증가함수 f, g를 도입하여 f(s)/g(ℓ)을 최대화하는, 함수에 의한 정규화 방법을 제시한다. 여기서 함수 f, g는 DNA 서열을 비교하는 실험을 통해 정한다. 이러한 실험에서 함수에 의한 정규화 방법이 좋은 local alignment를 찾는다. 또한 유사도 점수의 기준으로 longest common subsequence를 채택한 경우, 기존의 정규화 알고리즘을 이용하면 별다른 시간손실 없이 함수에 의해 정규화된 점수 f(s)/g(ℓ)을 최대화 할 수 있음을 보인다.
#정규화 #함수에 의한 정규화 #DNA 서열 #local alignment #normalization #normalization by functions #DNA sequence

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 기존의 정규화 방법
3. 새로운 함수에 의한 정규화(LANF) 방법
4. 실험 결과
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (7)

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1. [학술지(정기간행물)] - / 2001 / A new approach to sequence comparison: normalized sequence alignment 17 (4) : 327 ~ 337 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - / 2004 / Sparse normalized local alignment : 333 ~ 346 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - / 1992 / Journal of ACM : 519 ~ 545 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - / 1997 / Algorithms on strings, trees, and sequences google schola 5. [학술지(정기간행물)] - / 1977 / Design and implementation of an efficient priority queue : 99 ~ 127 google schola

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