DNA Chip using Single Stranded Large Circular DNA: Low Background and Stronger Signal Intensity

Jong-Gu Park

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자료유형: 학술저널

저자정보: Jong-Gu Park

저널정보: 대한의생명과학회 대한의생명과학회지 대한의생명과학회지 제10권 제2호

발행연도: 2004.6

수록면: 75 - 84 (10page)

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Massive identification of differentially expressed patterns has been used as a tool to detect genes that are involved in disease related process. We employed circular single stranded sense molecules as probe DNA for a DNA chip. The circular single stranded DNAs derived from 1,152 unigene cDNA clones were purified in a high throughput mode from the culture supernatant of bacterial transformants containing recombinant phagemids and arrayed onto silanized slide glasses. The DNA chip was examined for its utility in detection of differential expression profile by using cDNA hybridization. Hybridization of the single stranded probe DNA were performed with Cy3- or Cy5-labeled target cDNA preparations at 60℃. Dot scanning performed with the hybridized slide showed 29 up-regulated and 6 down-regulated genes in a cancerous liver tissue when compared to those of adjacent noncancerous liver tissue. These results indicate that the circular single stranded sense molecules can be employed as probe DNA of arrays in order to obtain a precious panel of differentially expressed genes.

#DNA chip #Large circular(LC-) sense molecule #Probe DNA #Differential gene expression #Recombinant phagemids

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