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Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제33권 제5·6호
발행연도
2006.6
수록면
316 - 325 (10page)

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인간과 같은 2배체의 각 염색체는 부모로부터 물려받은 2벌의 복제로 이루어져 있다. 이들 각 복제에서 SNP(single nucleotide polymorphism) 서열 정보를 하플로타입이라 부른다. 인간의 하플로타입 지도를 완전히 찾는 것은 인간 지놈의 중요한 작업 중의 하나인데, 실험적인 방법으로 하플로타입을 직접 얻는 것은 시간이 많이 걸리고 비용이 많이 든다. 따라서 두 하플로타입 정보가 혼합된 지노타입의 샘플들로부터 하플로타입을 추론하는 것에 대하여 연구되어왔다. 이 논문에서는 지노타입들을 설명하는 최소 개수의 하플로타입들을 찾는 모델(최소 하플로타입 추론문제)에 근거하여, 유전자 알고리즘을 사용하여 하플로타입을 추론하는 새로운 접근 방법을 제시한다. 좋은 결과를 주는 것으로 알려진 HAPAR[1]와 이 논문에 제시한 알고리즘을 컴퓨터 실험에 의한 비교를 통하여, 입력이 클 때 이 논문의 알고리즘이 수행시간은 적게 걸리면서 정확성이 비슷함을 보인다. 또한 이 실험 결과를 최근에 제시된 방법인 PTG[2]와 비교한다.
#하플로타입 추론 #지노타입 #유전자 알고리즘 #Haplotype Inference #Genotype #SNP #Genetic Algorithm

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 최소 하플로타입 추론 문제
3. 유전자 알고리즘을 이용한 하플로타입 추론
4. 실험 및 분석
5. 결론
참고문헌
저자소개

참고문헌 (11)

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[학술지(정기간행물)] - / 2003. / Haplotype inference by maximum parsimony 19 : 1773 ~ 1780 google schola [학술지(정기간행물)] - / 2005. / A parsimonious tree-grow method for haplotype inference 21 : 3475 ~ 3481 google schola [학술지(정기간행물)] - / 1990. / Inference of haplotypes from PCR-amplified samples of diploid populations : 111 ~ 122 google schola [학술지(정기간행물)] - / 2003. / Haplotype inference by pure parsimony : 144 ~ 155 google schola [학술지(정기간행물)] - / 2001. / A new statistical method for haplotype reconstruction for population data 68 : 978 ~ 989 google schola

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