세금계산서를 통한 매입세액공제는 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법의 큰 틀을 이루고 있는 토대 중 하나이다. 그래서 우리나라의 부가가치세법은 매입세액에 관한 규정을 명시적으로 입법하고 있다. 그 중 공제하지 아니하는 매입세액에 관한 조문인 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 2019년 12월 31일에 일부 개정(법률 제16845호, 2019.12.31.)되었다. 법률을 개정하기 전에는, 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 공제하지 아니하는 매입세액의 범위가 사실과 다르게 적힌 공급가액 전액이었다. 하지만 개정된 부가가치세법은 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액으로 한정했다. 개정을 통하여 개정목적인 “과세범위 명확화” 및 “납세자와의 마찰감소”는 개정 전과 비교하여 다소 달성된 것처럼 보인다.
하지만 개정 후에도 개선해야 할 문제가 남아있다. 바로 세금계산서에 사실과 다른 공급가액을 기재한 납세의무자들의 유형에 따라서 공제받을 수 있는 매입세액의 범위가 달라지는 문제이다. 일부 개정된 내용으로 인하여, 세금계산서에 실제 공급가액보다 높은 공급가액을 사실과 다르게 기재한 사업자(납세의무자)는 실제 공급가액만큼 매입세액공제를 받게 된다. 하지만 세금계산서에 실제 공급가액보다 낮은 공급가액을 사실과 다르게 기재한 사업자(납세의무자)는 세금계산서에 낮게 기재한 공급가액에서 실제 공급가액과 낮은 공급가액의 차액만큼 뺀 금액을 매입세액으로 공제받게 된다.
사실과 다른 세금계산서 제도는 불이익의 방법으로 행정벌인 가산세와 부가가치세법 자체의 제재수단인 매입세액불공제를 함께 두고 있다. 부가가치세의 취지와 구조 등을 고려한다면, 공제하는 매입세액의 범위는 실제 공급가액을 한도로 하여, 이를 초과하는 범위에서만 공제하지 아니하는 것이 타당하다. 그리고 실제 공급가액보다 낮은 공급가액을 기재한 때에는 낮은 공급가액만큼은 매입세액으로 공제하는 것이 적절하다고 생각한다.
이러한 생각의 첫 번째 근거는 세법은 기본적으로 사법상 거래관계를 존중해야 한다는 것이다. 특별한 경우가 아니라면, 세법은 사법상 거래관계 또는 사실관계를 바탕으로 하여 적용된다. 그렇다면 세금계산서상의 기재된 공급가액보다는 실제 공급가액을 한도로 하여, 공급하는 자는 매출세액을 신고·납부하고 공급받는 자는 매입세액을 공제하는 것이 타당하다.
두 번째 근거로는 조세회피의도를 고려해야 한다는 것이다. 사업자 간의 거래에서 실제 공급가액보다 높은 공급가액을 세금계산서에 기재했다면, 실제 공급가액보다 높은 매입세액을 공제하려는 조세회피의도를 찾을 수 있다. 하지만 실제 공급가액보다 낮은 공급가액을 세금계산서에 기재했다면, 이 같은 행위에서는 조세회피의도를 찾아볼 수 없다. 심지어 공급받는 자는 낮은 공급가액을 기재한 세금계산서를 발급하는 공급하는 자보다 높은 공급가액을 기재한 세금계산서를 발급하는 공급하는 자를 거래상대로 선택할 경제적 유인이 크다. 공급가액을 사실과 다르게 기재한 것은 사실이지만 낮은 공급가액에서는 조세회피의도를 찾을 수 없다.
세 번째 근거는 조세행정력 소비가 과다하다는 것이다. 부가가치세는 납세자의 납세협력비용 및 과세관청의 조세행정력이 지나치게 소요된다는 지적이 있다. 첫 번째 근거인 사법상 거래관계 존중만을 생각하여 세금계산서를 고려하지 않고 실제 공급가액만큼을 매입세액으로 공제한다면, 사실상 세금계산서를 통한 과세행정은 그 의미를 잃어버린다. 이뿐만 아니라 공급하는 자에게 매출세액을 추가적으로 징수·환급하고 공급받는 자에게 사후적으로 매입세액을 공제·불공제하는 것은 과세행정의 비효율을 유발한다.
네 번째 근거는 차액제도의 한계가 있다는 것이다. 개정 법률은 공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 실제 공급가액과 사실과 다른 공급가액의 차액으로 정하고 있다. 따라서 차액이 매우 커진다면, 결국 공제받는 매입세액의 범위가 줄어든다. 구체적으로 실제 공급가액보다 2배 이상으로 높은 공급가액을 기재하거나 실제 공급가액보다 ½ 이하로 낮은 공급가액을 기재한다면 매입세액공제를 전혀 받을 수 없다.
다섯 번째 근거는 공급하는 자와 공급받는 자 사이의 불이익 또는 제재의 불평등이 존재한다는 것이다. 공급가액이 사실과 다르게 적힌 세금계산서를 발급한 공급하는 자는 가산세의 제재를 받는다. 그에 비하여 그러한 세금계산서를 발급받은 공급받는 자는 매입세액불공제의 제재를 받는다. 하지만 공급하는 자와 공급받는 자는 모두 사업자이고 소비자가 아니다. 따라서 불이익 또는 제재도 같은 범주에서 받는 것이 타당하다. 매입세액불공제는 매출세액의 환급과 함께 파악해야 할 것이다. 그러나 조세행정력 및 사업자 사이의 평등을 감안해본다면 사업자에 대한 제재는 가산세로 하는 것이 바람직하다.
기존의 연구나 사례들은 세금계산서 제도의 필요적 기재사항 중 공급가액과 부가가치세액을 제외한 작성연월일, 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호 등에 관한 연구가 주류를 이루고 있다. 그래서 공급가액과 부가가치세액에 대해서 공제하지 아니하는 매입세액의 범위에 대하여는 별도로 다룬 연구가 많지 않았다. 더불어 찾아본 바에 의하면, 공급가액을 실제보다 낮게 세금계산서에 기재한 사례에 관해서는 선행연구가 없다.
본 논문에서는 사실과 다르게 적힌 공급가액에서 매입세액으로 공제할 수 있는 구체적인 범위를 찾는 것을 목표로 한다. 가장 먼저 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급가액을 분석한다. 다음으로 현재 운영되고 있는 사실과 다른 세금계산서의 의의와 기능을 살펴본다. 그리고 세금계산서를 통해서 생각해 볼 수 있는 매입세액공제의 여러 가지 가능성을 고찰한다. 또한, 국내의 선례들과 해외의 사례들을 비교하여 시사점을 도출한다. 뒤이어 공제하지 아니하는 매입세액의 범위에 관한 개정법령의 한계를 지적한다. 그리고 결론적으로 사실과 다른 세금계산서로 인하여 공제하지 아니하는 매입세액에 관한 조문인 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 개선방향을 입법적으로 제시한다.

Input tax credit through tax invoices is one of the main pillars of Value-Added Tax Act in Korea which implements invoice method. Therefore, the VAT Act in Korea explicitly enacts regulations on the amount of input tax. Among them, Article 39 Paragraph 1 Subparagraph 2 of the Value Added Tax Act, which regulates the amount of input tax that is not deducted has been partially amended on December 31, 2019 (Act No. 16845, December 31, 2019). Before the amendment of the VAT Act, the range of the input tax that was not deducted because of the misrepresented tax invoice was the total amount of value of supply written differently from the facts. However, the revised VAT Act limited the range of the input tax that is not deducted because of the misrepresented tax invoice to the difference amount between the actual value of supply and the amount written differently from the facts. Through the amendment, the purpose of the amendment “clarification of taxation scope” and “reduction of friction with taxpayers” seems to have been achieved somewhat compared to before the amendment.
However, there remains some problem to be improved even after the amendment. It is the problem that the range of input tax that can be deducted varies depending on the type of taxpayer who stated the value of supply different from the facts in the tax invoice. Due to some revised provisions, an entrepreneur (taxpayer) who incorrectly has stated the value of supply higher than the actual value of supply in the tax invoice will receive input tax credit equal to the actual value of supply. As well, an entrepreneur (taxpayer) who incorrectly has stated the value of supply lower than the actual value of supply in the tax invoice will receive input tax credit. However, the amount of input tax credit that the entrepreneur will receive is deducted amount from the written value of supply lower than the actual value of supply to difference amount the actual value of supply and the value of supply lower than the actual value of supply.
There are sanction measures about misrepresented tax invoice. One is penalty taxes as an administrative sanction and the other is to deny input tax credit as the VAT Act sanction itself. Considering the purpose and structure of VAT, it is desirable to utilize to deny input tax credit only for the objective of adjusting to receive the input tax credit by the actual value of supply. Moreover, in the case that value of supply lower than the actual value of supply is written in the tax invoice, it is reasonable to deduct the lower value of supply itself as input tax credit.
The first rationale for my idea is that tax law should basically respect judicial transactions. Except in special cases, tax law is applied on the basis of judicial transactions or facts. If so, it is desirable to ceiling amount as standard the actual value of supply rather than the value of supply stated in the tax invoice. In addition, it is reasonable to report and pay the output tax for the supplier based on the actual value of supply, and deduct the input tax for the supply recipient.
The second rationale for my idea is that tax avoidance intention must be considered. In a transaction between entrepreneurs(taxpayers), if the value of supply that is higher than the actual value of supply is stated in the tax invoice, it is possible to find the tax avoidance intention to deduct the input tax higher than the actual value of supply. However, if the value of supply that is lower than the actual value of supply is written in the tax invoice, the tax avoidance intention cannot be found in such this situation. In addition, the supply recipient has a greater economic incentive to select the supplier who issues the tax invoice with the higher value of supply than the supplier who issues the tax invoice with the lower value of supply as a counterparty of transactions. Even though the value of supply is stated differently from the facts in the same way, there is no any tax avoidance intention in the lower value of supply.
The third rationale for my idea is that consumption of tax administration power is excessive. It is pointed out that the VAT Act wastes too much of the taxpayer''s tax cooperation costs and the tax administration power of the tax office. If focused only on judicial transactions that is the first reason, and the actual value of supply is deducted as input tax without considering the tax invoice, in fact, the tax administration through the tax invoice loses its meaning. Besides, additionally collecting or refunding output tax to the supplier and deducting or non-deducting the input tax from the supply recipient afterwards cause inefficiencies in the tax administration.
The fourth rationale for my idea is that there is a flaw to the difference amount system. In the amended VAT Act, the range of input tax that is not deducted is the difference amount between the actual value of supply and the value of supply different from the facts. Therefore, if the difference amount is very large, the range of the input tax credit eventually decreases. Specifically in tax invoices, if the value of supply that is more than twice as high as the actual value of supply or a value of supply that is less than ½ of the actual value of supply is stated, the input tax credit cannot be applied at all.
The last rationale for my idea is that there is inequality of penalties or sanctions. The supplier who issues a tax invoice in which the value of supply is written incorrectly is subject to penalty taxes as an administrative sanction. In contrast, the supply recipient of such tax invoices is unable to receive input tax credit as the VAT Act sanction itself. However, both the supplier and the supply recipient are entrepreneurs(taxpayers) and not consumers. Therefore, it is reasonable to receive penalties or sanctions in the same category. Denying input tax credit will have to be done in conjunction with the output tax refund. However, considering the tax administration power and the equality of entrepreneurs(taxpayers), it is desirable that sanctions on entrepreneurs(taxpayers) be the penalty taxes.
Existing studies and cases mostly the subjects are focusing on some requisite entry items of the tax invoice. Representatively the date of preparation, registration number and name or denomination of the supplier, and registration number of the recipient are examples. Although the value of supply and the amount of value-added tax is also the requisite entry items of the tax invoice, generally there are few studies on the value of supply and the amount of value-added tax. Especially study on the range of denying amount to input tax credit is tiny. In addition, according to my findings, there is no prior research or study on the case that the lower value of supply is written in the tax invoice than the actual value of supply.
This thesis aims to find a specific range that can be deducted as input tax from the value of supply written incorrectly. First of all I analyze the supply price, which is a requisite entry item in the tax invoice. Next, I examine the significance and function of misrepresented tax invoice system currently in operation. Furthermore, I consider the various possibilities of input tax credit that can be expected through tax invoices. In addition, I draw implications by comparing domestic precedents and overseas cases. Subsequently, I point out the limitations of the revised provisions on the range of the denying amount to input tax credit. In conclusion, I legislatively suggest the improvement direction of Article 39 Paragraph 1 Subparagraph 2 of the Value Added Tax Act, the provision on the amount of input tax that is not deducted as the misrepresented tax invoice.