OCX-32 유전자 내 SNP이 한국 재래닭 산란형질에 미치는 영향 :SNPs of the OCX-32 gene Association with Egg Production Traits in Korean Native Chickens

이지연

추천

검색

자료유형: 학위논문

저자정보: 이지연 (강원대학교, 강원대학교 일반대학원)

지도교수: 이성진

발행연도: 2015

저작권: 강원대학교 논문은 저작권에 의해 보호받습니다.

이용수4

이 논문의 연구 히스토리 (2)

2015

OCX-32 유전자 내 SNP이 한국 재래닭 산란형질에 미치는 영향

이지연 동물생명과학과 2015.01 학위논문

2014

OCX - 32 유전자 내 c.494A>C 및 c.267T>G SNP이 한국 재래닭 산란형질에 미치는 효과 분석

이지연 , 최소영 , 김종대 외 3명 한국가금학회지 2014.09 학술저널

이 논문의 후속연구가 궁금하신가요?
연관 학술논문 또는 학술발표를 통해 보다 발전된 연구결과를 확인하실 수 있습니다.
이 논문의 연구 히스토리 확인하기

초록· 키워드

오류제보하기

한국 재래닭 종자는 일제강점기와 한국전쟁을 겪고 산업화 과정을 거치면서 외래 수입종으로 대체되면서 멸실 위기를 맞았다. 재래닭은 콜라겐 성분이 많아 육질이 쫄깃하며 닭고기의 풍미를 결정하는 Methionine과 Cystine 등 황 아미노산이 풍부하여 기호성이 좋지만 외래종에 비해 생산성이 낮아 외래 도입종으로 대체되면서 수가 급격히 감소되었다. 이에 따라 축산과학원은 닭 종자의 개발을 위하여 1992년부터 전국 각지에 흩어져 사육되어 오던 재래닭을 수집하여 기초계를 조성하고 고유특성에 따른 순수계통을 육성하면서 재래닭 복원을 수행하여 왔다. 최근 축산물 안전성이 대두되면서 재래종의 선호도가 외래종보다 높아지는 추세이며 전 세계적으로 재래가축 유전자원의 중요성이 부각되면서 재래닭의 생산 능력 개량이 절대적으로 필요한 실정이다. Ovocalyxin-32 (OCX-32)는 조류의 난각 형성 마지막 단계에서 자궁액 내 높은 수준으로 존재하여 난각을 형성해 배아 항균작용에 있어 중요한 유전자로 알려져 있다. 가금에서 OCX-32 유전자의 단일염기변이는 산란 및 계란형질에 연관을 가지고 있는 것으로 보고되어 있다. 본 연구는 한국 재래닭의 산란형질 개선을 위한 후보유전자로 OCX-32 유전자를 선발하였고, OCX-32 유전자 내 변이와 재래닭 산란형질과의 연관성 분석을 위해 실시되었다. 국립축산과학원으로부터 산란형질(시산일령, 시산난중, 난중, 산란율)을 보유한 총 4종의 한국 재래닭(오골계, 흑계, 재계, 백계)을 공시 받았으며, PCR-RFLP 방법을 통해 c.494A>C 및 c.267T>G SNP의 genotype을 분석하였다. c.494A>C SNP은 오골계의 산란율(p<0.05)과 백계의 난중(p<0.05)에서 각각 유의적인 연관성이 나타났으며 c.267T>G SNP은 오골계의 난중과 유의적인 상관관계(p<0.05)가 있었다. 그 후 OCX-32 유전자 내 변이에 대한 추가 실험을 위해 targeted sequencing 기법으로 한국 재래닭과 산란형질과의 연관성을 분석하였다. 733 bp 이내의 범위에서 16개의 SNP과 5개의 INDEL을 발굴하였으며 그 중 5개의 SNP (1179T>A, 1183A>G, 1337A>G, 1347A>T, 1500A>C)과 4개의 INDEL (913 del A, ins CTT, ins TTC, 1360 del T)은 새로 발견되었다. 한국 재래닭 OCX-32 유전자 내 총 16개의 SNP 중 13개의 SNP (1025A>G, 1052G>A, 1078T>C, 1125C>G, 1179T>A, 1183A>G, 1201G>A, 1209T>A, 1242G>A, 1347A>T, 1422G>T, 1451T>A, 1500A>C)과 5개의 INDE 중 2개의 INDEL (ins TTC, ins TCT)에서 산란형질과의 유의적인 상관관계가 나타났다(p<0.05). 본 연구 결과, OCX-32 유전자 내 변이는 한국 재래닭의 산란 특성에 따른 품질 개량을 위한 DNA 선발 마커로서 이용가치가 높을 것으로 예상되며, 재래닭과 관련된 분자유전학적 연구의 기초자료가 될 것이라 사료된다.

The identification and utilization of potential candidate genes with significant effects on economically important traits have become increasingly important in poultry breeding programs. The Ovocalyxin-32 (OCX-32) is present at high levels in the uterine fluid during the final phase of eggshell formation. Recently, single nucleotide polymorphism (SNP) of OCX-32 gene has been reported that association with egg production traits in poultry. This study was performed to find novel SNPs and to analyze the association between SNPs of OCX-32 gene and egg production traits in the four Korean native chicken breeds by PCR-RFLP and DNA targeted sequencing. We measured egg production traits of age at first egg, first egg weight, egg production ratio and egg weight. We analyzed two SNPs (c.494A>C and c.267T>G) in the OCX-32 gene by means of PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length Polymorphism) from four korean native chicken breeds. Polymorphism c.494A>C was significantly associated with egg production ratio in Korean Ogol chickens (p<0.05) and egg weight in Korean white chickens (p<0.05). SNP c.267T>C was significantly associated with egg weight in Korean Ogol chickens (p<0.05). Korean native chicken populations were found to analyze twenty-one variations (sixteen SNPs and five INDELs) SNPs in the intron of OCX-32 gene by targeted sequencing. Nine variant (1179T>C, 1183A>G, 1337A>G, 1347A>T, 1500A>C, 913 del A, ins CTT, ins TTC, 1360 del T) was novel. Fifteen variations (1025A>G, 1052G>A, 1078T>C, 1125C>G, 1179T>A, 1183A>G, 1201G>A, 1209T>A, 1242G>A, 1347A>T, 1422G>T, 1451T>A, 1500A>C, ins TTC, ins TCT) were association with egg production traits (egg production ratio, age at first egg, egg weight) in Korean native chickens (p<0.05). These results suggest that SNPs and INDELs of the OCX-32 gene may be useful as genetic markers for egg production traits in the Korean native chicken breeding.

#산란형질 #제한효소 절편길이 다형성 #INDEL #SNP #OCX-32 유전자 #한국 재래닭 #DNA 염기서열 결정법

Ⅰ. 서 론 1
Ⅱ. 연구사 3
1. 한국 재래닭의 기원 3
2. 한국 재래닭의 특징과 보존의 필요성 4
3. 한국 재래닭의 형질개량 방법 6
1) 전통적인 개량방법 6
2) 분자유전학적 개량방법 6
4. DNA 표지인자 7
1) 초위성체 유전자(microsatellite, MS) 7
2) 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP) 8
3) 복제수변이(Copy number varivation, CNV) 8
5. 유전자형 분석방법 10
1) Restriction fragment length polymorphism (RFLP) 10
2) Single strand conformation polymorphism (SSCP) 10
3) DNA sequencing 11
Ⅲ. 재료 및 방법 13
1. 공시재료 및 산란형질 측정 13
1) 공시재료 13
2) 산란형질 조사항목 13
2. genomic DNA 분리 및 정제 14
3. PCR-RFLP 15
1) Primer 제작 15
2) PCR 증폭 15
3) 유전자형 분석 16
4. DNA Targeted sequencing 17
1) PCR 증폭 17
2) DNA 염기서열 및 유전자형 분석 18
5. 통계분석 19
Ⅳ. 결 과 20
1. 한국 재래닭의 산란형질 관측치 20
2. PCR-RFLP 21
1) 한국 재래닭 OCX-32 유전자 내 SNP c.494A>C 및 c.267T>G의 유전자형 분석 21
2) 한국 재래닭 OCX-32 유전자 내 SNP c.494A>C 및 c.267T>G 와 산란형질과의 유의성 분석 22
3. DNA targeted sequencing 24
1) 한국 재래닭 OCX-32 유전자 내 21개 SNP의 염기서열 및 유전자형 분석 24
2) 한국 재래닭 OCX-32 유전자 내 21개 SNP과 산란형질과의 유의성 분석 결과 27
Ⅴ. 고 찰 31
Ⅵ. 참고문헌 33

최근 본 자료

전체보기

구분	그룹	데이터 항목
AI 학습용 데이터	원문	원문 PDF 파일
AI 학습용 데이터	원문 + 메타 (기본/상세)	원문 PDF 파일 및 서지정보 CSV
대량 구매용 데이터	B2B 구독 방식	특정 자료 한정으로 원문 접근 권한 부여
대량 구매용 데이터	URL 전달 방식	바로 PDF 뷰어를 열람할 수 있는 URL 제공

구분	그룹	데이터 항목
AI 학습용 데이터	기본 메타	발행기관명, 간행물명, 권호명, 권(vol), 호(issue), 통권, 발행연도, 발행월, 논문명, 저자명, 시작페이지, 종료페이지, 전체페이지, 상세페이지URL
상세 메타 데이터	발행기관 메타	발행기관 이명, 영문명, 창립연도, 홈페이지URL, 발행기관 소개
	간행물 메타	부제목, 간행물 유형, ISSN, ISBN, 최초발행연도, 폐간연도, 간행빈도, 발행주기, 등재사항, 이용수, 피인용수, 권호수, 논문수, 표지이미지
	논문 메타	작성 언어, 부제목, 대등제목, 목차, 키워드, 초록, 이미지, 참고문헌, 이용수, 피인용수, 논문활용도, DBpia통합주제분류, KDC분류, DDC분류, 한국연구재단분류, UCI, DOI
	저자 메타	소속기관, 소속부서, 직급, 연구분야, 연구키워드, 이용수, 피인용수, 저자 논문활용도

구분	그룹	데이터 항목
※ 결합형/맞춤형 메타 데이터는 신청 내용에 따라 다양하게 제공 가능
이용순위 정보	주제분야별 많이 이용된 논문	“인문학”에서 많이 이용된 논문 TOP100
	이용기관별 많이 이용된 논문	“중고등학교”에서 많이 이용된 논문 TOP100
	세부기관별 많이 이용된 논문	“서울대학교”에서 많이 이용된 논문 TOP100
	키워드별 많이 이용된 논문	“Chat GPT”에서 많이 이용된 논문 TOP100
키워드 정보	많이 이용된 키워드	특정기간/분야/저널 내 많이 이용된 키워드
	많이 발행된 키워드	특정기간/분야/저널 내 많이 발행된 키워드
	많이 검색된 키워드	특정기간/분야/저널 내 많이 검색된 키워드
	연구 트렌드 키워드	특정 키워드 연관 연구동향 분석 데이터 키워드

논문 기본 정보

이 논문의 연구 히스토리 (2)

초록· 키워드

목차

최근 본 자료

댓글(0)