집행정지는 국민과 행정주체간은 물론이고, 국민과 법원간의 정보의 비대칭성(information asymmetry)을 해소한다. 당사자들의 상대적 낙관주의(相對的 樂觀主義)를 완화하고 국민이 행정소송을 제기함으로써 얻게 될 기대이익과 행정주체의 기대손실의 차이를 감소시켜 본안소송에서의 화해를 촉진하는 방향으로 기능한다. 실무의 운용을 보아도 집행정지와 재판부의 조정권고는 긴밀한 연관을 가지고 있다.

애로의 불가능성 정리(Arrow''s Impossibility Theorem)는 개인들의 선호를 통합한 유효한 사회후생함수를 도출하는 것이 불가능함을 입증하였다. 선험적 공익이 존재하지 않음을 증명한 것으로 사법심사의 확대와 논리적 궤를 같이 한다. 소의 이익을 유지시키는 등으로 사법심사가 가능케 하는 집행정지는 그 요건 등을 완화하여 폭넓게 인정하는 것이 타당하다.

주권자-대리인 이론(Principal-Agent Theory)은 행정법 관계를 본인인 의회와 대리인인 관료 사이에 형성된 정치적 역학관계의 산물로 본다. 행정행위를 선험적 공익을 위한 것이 아닌 정치적 역학관계의 산물에 불과한 것으로 볼 수도 있기에 행정행위의 집행력 등을 정지하는 집행정지제도는 필요하다. 다만 집행정지원칙은 사회적 효율성(social efficiency) 차원에서 적절하지 않을 수 있다.

법치국가원리는 집행정지제도의 헌법적 근거이다. 위법한 행정행위로 기본권의 침해를 받은 국민이 행정소송을 제기함으로써 기본권의 보호를 받을 수 있는 기본권보호의무도 집행정지제도의 헌법상 근거로 볼 수 있다. 그러나 직접적인 헌법상의 근거는 사법절차적 기본권인 재판청구권을 규정하고 있는 헌법 제27조라고 할 것이고, 헌법재판소도 같은 취지의 결정을 하고 있다.

독일은 집행정지원칙을, 프랑스와 일본은 집행부정지원칙을 취하고 있다. 이는 행정행위의 공정력 인정과는 밀접한 논리적 연관이 없고, 입법정책으로 보는 견해가 일반적이다. 프랑스는 2000. 6. 30. 행정소송법전의 개정을 통하여 긴급소송에 관한 규정을 대폭 개정하여 권리구제를 위한 수단을 보완하였고, 일본도 2004. 6. 9. 행정사건소송법을 대폭 개정하여 가의무이행제도 및 가금지제도를 규정하는 등 권리구제를 위한 수단을 보완한 바 있다.

집행정지는 기성사실의 형성을 배제하고, 국민의 재판청구권을 보장한다. 경우에 따라서는 잠정적 권리구제수단을 넘어 사실상의 분쟁해결수단으로도 기능한다. 집행정지의 대상적격 논의는 결국 처분의 개념논의에 귀결될 것인데, 행정법이론체계를 유지하기 위하여는 처분을 실체법상의 행정행위와 차이를 두는 것은 적절하지 않은 것으로 보인다.

집행정지의 대상적격을 살펴보면, 대법원은 거부처분의 경우 집행정지를 인정하고 있지 않으나, 일본의 하급심 판례는 행정사건소송법 개정으로 의무이행소송이 신설되기 전에도 거부처분의 경우에 신청의 이익을 매개로 집행정지신청을 인용한 경우가 다수 있다. 개정된 프랑스 행정소송법전은 거부결정을 집행정지의 대상으로 보고 있다. 최근 우리의 하급심에서도 신청의 이익을 매개로 하여 거부처분의 경우에 집행정지신청을 인용한 적이 있으며, 이는 타당한 것으로 보인다.

집행정지의 요건 중에서 가장 많은 논의가 이루어지는 부분은 회복하기 어려운 손해의 의미이다. 일본은 행정사건소송법의 개정으로 종래 ‘회복하기 곤란한 손해’를 ‘중대한 손해’로 개정하였고, 손해의 정도 및 처분의 내용과 성질이 적절하게 고려되도록 하는 고려사항을 규정하였다. 우리 대법원 판례는 회복할 수 없는 손해에 관하여 금전으로 보상할 수 없는 손해라는 기본 입장을 고수하면서 그 요건을 다소 완화하고 있는 것으로 평가받는다. 행정처분의 적법여부가 집행정지의 요건인지가 문제되나, 대법원은 처분의 적법성은 집행정지에 있어서 판단대상이 되지 않음을 분명히 하였다.

국민의 권리보호 실효성을 위하여 민사집행법상 가처분규정의 준용가능성에 관한 논의가 있다. 의무이행소송이 허용되지 않는 현행 법제에서는 무제한적으로 민사집행법상의 가처분규정의 준용이 허용된다고 할 수는 없다. 그러나 일본과 달리 가처분 배제 규정이 없는 이상 일정한 한계에서 민사집행법상의 가처분규정을 준용하는 것은 필요하고 타당한 것으로 보인다.

한편 2010. 1. 25. 법률 제9968호로 전부 개정된 행정심판법은 제31조에서 행정청의 거부처분이나 부작위로 인해 회복하기 어려운 손해가 예상되는 경우에는 행정심판 재결 전까지 임시적으로 구제할 수 있는 임시처분제도를 도입하였다. 경제학적 방법론적 시각에서 볼 때, 임시처분제도는 긍정적인 것으로 평가된다.

법무부는 2013. 3. 20. 행정소송법 전부개정법률(안)을 입법예고하였다. 의무이행소송을 도입하고, 집행정지 요건을 완화하면서 담보부 집행정지제도를 신설하고 가처분제도를 도입하는 등 권리구제절차를 대폭 보완한 것이다. 집행정지의 요건을 완화하거나 그 대상을 폭넓게 인정하는 법무부의 입법예고안은 경제학적 방법론의 시각에서도 그 정당성을 지니는 것으로 보인다.