Genetic Diversity and Genotype Distribution of Erwinia amylovora in Korea

Hyeonheui Ham; Se-Weon Lee; Yong Hwan Lee

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자료유형: 학술저널

저자정보: Hyeonheui Ham (Rural Development Administration) Se-Weon Lee (Rural Development Administration) Yong Hwan Lee (Rural Development Administration)

저널정보: 한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal The Plant Pathology Journal 제41권 제1호

발행연도: 2025.2

수록면: 88 - 99 (12page)

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Erwinia amylovora, first identified in 1793 in Hudson Valley (New York, USA), has a genome size of 3.7-4.0 Mb. E. amylovora bacterial strains are classified based on the infecting hosts: the Amygdaloideae-infecting (AI) group, targeting apple and pear trees, and the Rubusinfecting group, affecting berry trees. Since the AIgroup strains display high genetic similarity (˃99.7%), it is challenging to characterize their genotypes. This study investigated the genetic diversity of E. amylovora isolates in Korea and the regional distribution patterns of genotypes using a multilocus variable number of tandem repeat analysis (MLVA). Four specific primers were used to amplify and sequence tandem repeats in the E. amylovora genome, and a distribution map of E. amylovora was created using MLVA genotypes. Thirtytwo types of MLVA patterns were identified in Korean strains, and RV19 was the dominant type identified in all South Korean regions. According to the minimal spanning tree, genotypes were differentiated into RV7, RV14, RV20, RV22, and RV27 types, originating from the RV19 type. This finding suggests that the RV19 type, introduced to Korea for the first time, spread to other regions from Anseong-si, Cheonan-si, Chungjusi, and Jecheon-si, depending on the type. We determined the MLVA genotypes of E. amylovora isolates and distribution patterns by region from 2019 to 2023. The distribution of these genotypes by year and region provides basic information for the genetic diversity and spread of E. amylovora in Korea.

#fire blight #microsatellites #tandem repeat #variable number of tandem repeat(VNTR)

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