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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 제30권 제5호
- 발행연도
- 2024.5
- 수록면
- 220 - 227 (8page)
- DOI
- 10.5626/KTCP.2024.30.5.220
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현재까지 밝혀진 인유두종바이러스의 유전자형은 200 종류 이상이나 되지만 이 중에서 12∼15개의 유전자형만이 자궁경부암의 주요 병인과 관련된 고위험성으로 분류되고 있다. 이 바이러스의 위험군을 분류하는 방법은 주로 외피 단백질을 생산하는 L1 유전자의 염기 서열 차이에 기반한 유전자형에 의존하고 있다. 본 논문에서는 전장 유전체 서열과 콘볼루션 신경망을 이용하여 인유두종바이러스의 위험성을 분류하는 새로운 방법을 제시하고자 한다. 1,758개의 인유두종바이러스의 전장 유전체 샘플을 일정한 간격으로 분할한 후, 단어(-mer) 기반의 특성추출을 통해 영상 데이터와 유사한 3차 텐서로 표현함으로써 별도의 임베딩 처리 과정 없이 컨볼루션 신경망 학습 및 평가에 직접 사용될 수 있도록 하였다. 인유두종바이러스 전장 유전체 샘플을 고위험군과 저위험군, β 와 γ군의 4개의 그룹으로 분할하여 콘볼루션 신경망을 학습시킨 후, 테스트 결과 99.24%의 정확도를 보였다.
목차
요약
Abstract
1. 서론 및 배경
2. 관련 연구
3. 전체 데이터의 구성과 컨볼루션 모델
4. 실험 및 결과
5. 결론
References
참고문헌 (14)
참고문헌 신청
J. Lim, H. Lilie, H. Kalbacher, N. Roos, D.I. Frecot, M. Feige, M. Conrady, T. Votteler, A. Cousido-Siah, G. Corradini Bartoli, T. Iftner, G. Trave, C. Simon, “Evidence for direct interaction between the oncogenic proteins E6 and E7 of high-risk human papillomavirus (HPV),” J Biol Chem, Vol. 299(8):104954, Aug. 2023.
N. Egawa and J. Doorbar, “The low-risk papillomaviruses,” Virus Research, Vol. 231, pp. 119-129, Mar. 2017.
J. Doorbar, W. Quint, L. Banks, I. G. Bravo, M. Stoler, T. R. Broker and M. A. Stanley, “The Biology and Life-Cycle of Human Pappillomaviruses,” Vaccine, Vol. 30(Suppl. 5), pp. F55-F70. Nov. 2012.
J. Ren, X. Bai, Y.Y. Lu, K. Tang, Y. Wang, G. Reinert and F. Sun, “Alignment-Free Sequence Analysis and Applications,” Annu Rev Biomed Data Sci, Vol. 1, pp. 93-114, Jul. 2018.
A. Zielezinski, S. Vinga, J. Almeida and W. M. Karlowski, “Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools,” Genome Biology, Vol. 18(1):186, Oct. 2017.
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