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Khandker Shazia Afrin (Sunchon National University) Md Abdur Rahim (Sunchon National University) Mehede Hassan Rubel (Sunchon National University) Jong-In Park (Sunchon National University) Hee-Jeong Jung (Sunchon National University) Hoy-Taek Kim (Sunchon National University) Ill-Sup Nou (Sunchon National University)
저널정보
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal The Plant Pathology Journal 제36권 제5호
발행연도
2020.10
수록면
418 - 427 (10page)

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Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc), the pathogen of black rot which is the most destructive disease of Brassica vegetables throughout the world. Here, we reported two novel sequence-characterized amplified region (SCAR) markers (i.e., XccR6-60 and XccR6-67) for the detection of Xcc race 6 via re-alignment of the complete genome sequences of Xcc races/strains/pathovars. The specificity of SCAR primer sets was verified by mean of PCR amplification using the genomic DNA template of Xcc races/strains/pathovars and two other plant infecting bacterial strains. The PCR result revealed that the XccR6-60 and XccR6-67 primer sets amplified 692-bp and 917-bp DNA fragments, respectively, specifically from race 6, while no visible amplification was detected in other samples. In addition, the SCAR primers were highly sensitive and can detect from a very low concentration of genomic DNA of Xcc race 6. However, the complete genome sequence of Xcc race 6 is not yet publicly available. Therefore, the cloning and sequencing of XccR6-60 and XccR6-67 fragments from race 6 provide more evidence of the specificity of these markers. These results indicated that the newly developed SCAR markers can successfully, effectively and rapidly detect Xcc race 6 from other Xcc races/strains/pathovars as well as other plant pathogenic bacteria. This is the first report for race-specific molecular markers for Xcc race 6.
#black rot #cabbage #molecular marker #race 6 #Xanthomonas campestris pv. campestris

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