꼬막(Tegillarca granosa)의 유전적 다양성 분석을 위한 드래프트 게놈분석과 마이크로새틀라이트 마커 발굴

김진무; 이승재; 조은아; 최은경; 김현진; 이정식; 박현

doi:10.23005/KSMLS.2021.6.1.38

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저자정보: 김진무 (고려대학교) 이승재 (고려대학교) 조은아 (고려대학교) 최은경 (고려대학교) 김현진 (전남대학교 수산생명의학과) 이정식 (전남대학교) 박현 (고려대학교)

저널정보: 한국해양생명과학회 한국해양생명과학회지 한국해양생명과학회지 제6권 제1호

발행연도: 2021.6

수록면: 38 - 46 (9page)

DOI: 10.23005/KSMLS.2021.6.1.38

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꼬막 종류 중 하나인 Tegillarca granosa는 해양 이매패류로서 한국, 중국, 일본 등의 중요한 수산 자원 중 하나이다. 꼬막의 염색체 수는 2n=38로 알려져 있지만, 유전체의 크기와 유전 정보에 대해서는 아직 명확하게 알려져 있지 않다. 꼬막의 유전체 크기 예측을 위하여 NGS Illumina HiSeq 플랫폼을 이용하여 얻은 짧은 DNA 서열 정보를 통하여 in silico 분석으로 유전체 크기를 분석하였다. 그 결과 꼬막의 유전체 크기는 770.61 Mb로 예측되었다. 이후 MaSuRCA assembler를 통하여 드래프트 게놈 조립 작업을 수행하고, QDD pipeline을 이용하여 SSR (simple sequence repeats) 분석을 수행하였다. 꼬막의 유전체로부터 43,944개의 SSR을 발굴하였으며, 다이-뉴클레오타이드(di-nucleotide) 69.51%, 트라이-뉴클레오타이드(tri-nucleotide) 16.68%, 테트라-뉴클레오타이드(tetra-nucleotide) 12.96%, 펜타-뉴클레오타이드(penta-nucleotide) 0.82% 그리고 헥사-뉴클레오타이드(hexa-nucleotide) 0.03%로 구성되었다. 이후 꼬막의 유전적 다양성 연구에 활용할 수 있는 100개의 마이크로새틀라이트 마커의 프라이머 세트를 선별하였다. 앞으로 이번 연구를 통해서, 꼬막의 집단유전학적 연구와 유전적 다양성을 규명하는데 도움이 될 것이며, 나아가 동종들 간의 원산지 분류를 알아낼 수 있을 것이다.

#꼬막 #일루미나 하이식 플랫폼 #마이크로새틀라이트 #동종 #Tegillarca granosa #Illumina HiSeq platform #MaSuRCA assembler SSR #Homogeneous

참고문헌 (17)

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Bai CM / 2019 / Chromosomal-level assembly of the blood clam, Scapharca(Anadara)broughtonii, using long sequence reads and Hi-C / Gigascience 8

Dong-li Z / 2011 / Analysis of genetic variation in the fast growth families of Tegillarca granosa / Journal of Fisheries of China 35:350~357

Fernández-Pérez J / 2019 / Fifteen novel microsatellite loci, developed using next-generation sequencing, reveal the lack of genetic structure in Donax vittatus from Iberian Peninsula / Estuarine, Coastal and Shelf Science 217:218~225

Katti MV / 2001 / Differential Distribution of Simple Sequence Repeats in Eukaryotic Genome Sequences / Molecular Biology and Evolution 18:1161~1167

Liu B / 2017 / A Genetic Linkage Map of Blood Clam (Tegillarca granosa) Based on Simple Sequence Repeat and Amplified Fragment Length Polymorphism Markers / Journal of Shellfish Research 36:31~40

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