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학술저널
저자정보
김나은 (Department of Plant Bioscience College of Natural Resources and Life Science Pusan National Univers) 권순욱 (Department of Plant Bioscience College of Natural Resources and Life Science Pusan National Univer) 서정환 (Life and Industry Convergence Research Institute Pusan National University Miryang 50463 Korea) 함태호 (Department of Cropscience Konkuk University Seoul 05029 Korea) 이주현 (Department of Cropscience Konkuk University Seoul 05029 Korea)
저널정보
한국육종학회 Plant Breeding and Biotechnology Plant Breeding and Biotechnology Vol.9 No.4
발행연도
2021.12
수록면
345 - 354 (10page)

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2021

Genome-Wide Association Study for Cold Tolerance in Rice Seedlings under Cold-Water Treatment
김나은 ,  권순욱 ,  서정환 외 2명 Plant Breeding and Biotechnology 2021.12 학술저널
Genome-Wide Association Study of Cold Tolerance at Seedling Stage using KRICE_CORE and Korea Rice Landrace (Oryza sativa L.)
김나은 식물생명과학과 2021.01 학위논문

초록· 키워드

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Rice is a temperature-sensitive crop, its yield is severely affected by low temperature, especially cold stress at theseedling stage will delay heading. To understand the genetic basis of cold tolerance, we evaluated the cold tolerance at the seedlingstage of 136 rice accessions. To evaluate cold tolerance, we treated rice seedlings with cold water irrigation for ten days and scored thecold tolerance on a 1-9 scale, based on their low-temperature response and subsequent recovery. The genome-wide association study forcold tolerance revealed seven QTLs on chromosomes 1, 3, 6, 7, 10, and 12. The genomic region of the qCWS7 on chromosome 7overlapped with a previously reported QTL associated with cold tolerance in the germinating stage. Similarly, qCWS1-1, qCWS1-2,qCWS3, qCWS6, and qCWS10 overlapped with a previously reported QTL associated with drought-stress tolerance. Subsequentbioinformatic and haplotype analyses suggested that five candidate genes affect cold tolerance: Os01g0228600 encoding a cytosolichydroxypyruvate reductase, Os03g0115000 encoding a cupredoxin domain containing protein, Os06g0612800 encoding astress-associated protein (SAP) gene family, Os12g0552500 encoding a universal stress protein (USP), and Os10g0482900 encoding athioredoxin fold domain containing protein.
#GWAS #Rice #Seedling #Cold water treatment

목차

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참고문헌 (30)

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Ali ML / 2000 / Mapping QTLs for root traits in a recombinant inbred population from two indica ecotypes in rice / Theor. Appl. Genet 101:756~766 google schola Arabia S / 2021 / Comprehensive in silico Characterization of Universal Stress Proteins in Rice (Oryza sativa L.) With Insight Into Their Stress-Specific Transcriptional Modulation / Front. Plant Sci :1589 google schola Dennison C / 2005 / Investigating the structure and function of cupredoxins / Coord. Chem. Rev 249:3025~3054 google schola Fairhurst T / 2002 / Rice in the Global Food Supply / World 5:454~349 google schola Ham TH / 2021 / Genome-Wide Association Study Reveals the Genetic Basis of Cold Tolerance in Rice at the Seedling Stage / Agriculture 11:318 google schola

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