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저자정보
Lee Dayeon (School of Life Sciences Gwangju Institute of Science and Technology (GIST) Gwangju Korea.Anti-Virus) Yoon Cheol-Hee (Division of Chronic Viral Disease Center for Emerging Virus Research National Institute of Infectio) Choi Sin Young (School of Life Sciences Gwangju Institute of Science and Technology (GIST) Gwangju Korea.Anti-Virus) Kim Jung-Eun (Department of Microbiology University of Ulsan College of Medicine Seoul Korea.) Cho Young-Keol (Department of Microbiology University of Ulsan College of Medicine Seoul Korea.) Choi Byeong-Sun (Division of Chronic Viral Disease Center for Emerging Virus Research National Institute of Infectio) Park Jihwan (School of Life Sciences Gwangju Institute of Science and Technology (GIST) Gwangju Korea.Anti-Virus)
저널정보
대한감염학회 Infection and Chemotherapy Infection and Chemotherapy 제53권 제3호
발행연도
2021.9
수록면
489 - 502 (14page)
DOI
10.3947/ic.2021.0031

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Background: The latent reservoir of Human Immunodificiency Virus-1 (HIV-1) has been a major barrier to the complete eradication of HIV-1 and the development of HIV therapy. Longterm non-progressors (LTNPs) are a rare group of patients with HIV-1 who can spontaneously control HIV-1 replication without antiretroviral therapy. Transcriptome analysis is necessary to predict the pathways involved in the natural control of HIV-1, elucidate the mechanisms involved in LTNPs, and find biomarkers for HIV-1 reservoir therapy. Materials and Methods: In this study, we obtained peripheral blood mononuclear cells from two LTNP subjects at multiple time points and performed RNA-sequencing analyses. Results: We found that LTNPs and normal subjects had different transcriptome profiles. Functional annotation analysis identified that differentially expressed genes in LTNPs were enriched in several biological pathways such as cell cycle-related pathways and the transforming growth factor-beta signaling pathway. However, genes that were downregulated in LTNPs were associated with immune responses such as the interferon response and IL2- STAT5 signaling. Protein-protein interaction network analysis showed that CD8A, KLRD1, ASGR1, and MLKL, whose gene expression was upregulated in LTNPs, directly interacted with HIV-1 proteins. The network analysis also found that viral proteins potentially regulated host genes that were associated with immune system processes, metabolic processes, and gene expression regulation. Conclusion: Our longitudinal transcriptome analysis of the LTNPs identified multiple previously undescribed pathways and genes that may be useful in the discovery of novel therapeutic targets and biomarkers.
#Human immunodeficiency virus #HIV-1 non-progressors #RNA-seq #Gene expression #Transcriptome analysis

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Stevenson M / 2003 / HIV-1 pathogenesis / Nat Med 9:853~860 google schola Volberding PA / 2010 / Antiretroviral therapy and management of HIV infection / Lancet 376:49~62 google schola Sengupta S / 2018 / Targeting the latent reservoir for HIV-1 / Immunity 48:872~895 google schola Hill AL / 2014 / Predicting the outcomes of treatment to eradicate the latent reservoir for HIV-1 / Proc Natl Acad Sci U S A 111:13475~13480 google schola Kumar P / 2013 / Long term non-progressor (LTNP) HIV infection / Indian J Med Res 138:291~293 google schola

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