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이 논문은 현대 생물학의 기반에 놓인 존재론을 비판적으로 고찰한다. 이러한 기반 존재론은 구체적인 연구의 모체(matrix) 역할을 하는 패러다임의 중심 성분인 동시에 연구의 시야와 방법론을 제약하는 요소다. 진화론 종합설의 정착 이후 현대 생물학은 최근의 인간유전체연구에 이르기까지 환원주의적 존재론의 토대 위에서 발달해왔는데, 특히 현대 생물학의 기반 존재론은 미시환원주의와 개체중심주의라는 두 가지 요소의 결합을 근간으로 한다. 그러나 미시환원주의-개체중심주의 존재론은 환경의 힘과 관계의 힘에 대한 고려라는 두 측면에서 생물학의 기반 존재론으로서 부적합한 면모를 드러낸다. 유기체주의는 오래전부터 거론되어 온 대안이지만, 그것이 생명현상을 적절히 포괄하는 존재론이 되기 위해서는 창발성에 대한 존재론적 분석과 더불어 문제의 각 맥락에 적합한 창발성 개념의 적용이 필요하다. 필자들은 창발성의 존재론을 공시적 관계로서의 수반, 개별 요소들 간의 비선형적 상호작용에 기인하는 전체 수준 속성의 창발, 인과적-동역학적 창발, 그리고 융합에 기인하는 창발 이렇게 네 가지로 분석한다.
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