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자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.33 No.6
발행연도
2011.1
수록면
679 - 684 (6page)

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Retroelements play important roles in primate evolution. Specifically, human endogenous retroviruses (HERVs) and Alu elements are primate-specific retroelements. In addition, SVA elements belong to the youngest family of hominid non-long terminal repeat (LTR) retrotransposons. Retroelements can affect adjacent gene expression, supplying cis-regulatory elements,splice sites, and poly-A signals. We developed a database,GEnome-wide Browser for RETroelement (GEBRET,http://neobio.cs.pusan.ac.kr/~gebre/), for comparing the distribution of primate-specific retroelements and adjacent genes. GEBRET database components include 47,381 HERVs,53,924 Alus and 4639 SVAs in five primate genomes of human,chimpanzee, orangutan, rhesus macaque, and marmoset. Host genes located upstream of a retroelement were also visualized and classified as five categories (0.0, 0.5, 1.0, 2.0,and 3.0Kb). Our results suggest that retroelements preferentially integrate into the distal promoter region relative to the core promoter region. GEBRET database is designed to investigate the distribution of retroelements (HERVs, Alus and SVAs) in the primate genomes that have been sequenced. Our software will be useful in the field to study the impact of retroelements on primate genome evolution.
#Retroelements #Primates #Visualization #Evolution #Bioinformatics

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