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연결납세제도에서 연결법인 간의 거래는 경제적 실질의 차원에서 내부거래로 봄으로써 양도손익이연자산의 연결법인 간의 거래에 대하여는 그 양도손익을 이연시키고 있다. 이러한 단일실체의 개념에 따르면 연결법인 간의 거래에 대해 부당행위계산의 부인규정을 적용하지 아니하는 것이 타당하다. 그러나 부당행위계산의 부인규정을 적용하지 아니하면 연결법인 간의 부당거래로 말미암아 조세회피 또는 계열사에 대한 부당지원 등 부작용이 발생한다. 본 논문은 개별실체의 개념에 따라 부당행위계산의 부인규정을 적용하면서도 그 경제적 효과가 단일실체의 개념과 같아지는 방안을 찾기 위해 사례분석을 통하여 연구하였다. 연구 결과는 다음과 같이 요약할 수 있다.
첫째, 양도손익이연자산의 연결법인 간 거래에 대해 부당행위계산의 부인이 있더라도 부당행위계산의 부인으로 익금에 산입되는 금액을 포함한 양도손익 전체에 대해 손익이연이 이루어져야 한다.
둘째, 연결납세제도는 연결집단을 하나의 과세단위로 하여 과세하는 제도이므로 연결집단의 소득이 부당히 감소하지 아니하면 연결집단에 대한 부당행위계산의 부인을 적용하지 않아야 한다. 하지만 각각의 연결법인에 대한 각 사업연도의 소득 계산이 먼저 이루어지는 현행 과세체계에서는 연결법인 간 양도손익이연자산의 부당거래로 조세회피가 가능하므로 부당행위계산의 부인규정의 적용을 배제하기가 어렵다. 연결납세제도의 취지를 살리면서 조세회피를 방지하기 위해서는 연결법인 간 양도손익이연자산의 부당거래에 대해 부당행위계산의 부인을 하되 상대방법인에 대해 대응조정을 하게 되면 연결집단의 조세회피를 방지할 수 있을뿐더러 부당행위계산의 부인으로 말미암아 발생하는 연결집단의 이중과세도 회피할 수 있다.
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