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본 연구에서는 연결납세제도상 연결법인간 거래에 관한 규정과 외국의 입법례를 살펴보았고 가상의 사례를 통하여 현행 규정에 의할 경우 어떠한 과세상의 문제점이 있는지를 분석하고 정리하였으며 이를 기초로 개선안을 다음과 같이 제시하였다.
첫째, 연결법인간의 거래에서 발생한 손익이 이연되지 아니하는 경우에는 이를 이용하여 조세를 회피할 가능성이 존재하게 된다. 이러한 조세회피의 가능성을 봉쇄하기 위하여 조세회피를 목적으로 연결법인간의 거래를 통하여 손익을 인식함으로써 조세부담을 부당하게 경감하는 경우 해당 손익을 부인할 수 있도록 하되, 조세회피의 유형을 예시하는 방식으로 규정하도록 할 필요가 있다.
둘째, 연결법인간 감가상각자산의 거래에 있어서 양도손익의 손익금산입에 대한 현행 규정은 단일실체기준과 개별실체기준 모두에 적합하지 않고 개별실체기준에 더 근접함으로 인하여 내용연수와 감가상각방법을 임의로 변경하는 효과를 가지게 되는 문제점이 있다. 따라서 감가상각비와 관련하여 손익금에 산입될 금액은 단일실체기준에 따라 양수법인의 감가상각비 실제 계상액에서 만약 해당 자산이 양도법인에 의하여 보유된다고 가정할 때 감가상각비로 계상하였을 금액을 차감한 잔액으로 하여야 한다.
셋째, 양수법인이 자산을 연결법인이 아닌 자에게 처분하거나 자산이 대손 또는 멸실되는 경우에는 양도법인이 양수법인에게 양도할 당시 발생한 양도소득 또는 양도손실 중 이미 익금 또는 손금에 산입된 금액을 제외하고 익금 또는 손금에 산입하도록 하여야 할 것이지만 이에 대하여 규정하고 있지 않다. 이는 입법미비라고 생각되며 적절히 개정되어야 할 것이다.
넷째, 연결법인이 다른 연결법인으로부터 양수한 자산을 다른 연결법인에게 양도한 경우 단일실체개념에서 보면 양도손익은 아직 실현된 것이 아니기 때문에 양도손익을 손익금에 산입하도록 한 것은 논리에 맞지 않는 것이며 이 규정은 폐지되어야 한다.
다섯째, 연결법인간 이전된 자산의 조세특성에 관하여는 명문규정이 존재하지 아니하나 조세특성의 변경을 통한 조세회피를 방지하기 위하여는 연결법인간 자산이전에 대하여 해당 자산의 조세특성을 단일실체기준에 따라 판단하도록 명문화하여야 한다.
여섯째, 부당행위계산의 부인규정은 조세회피를 방지하기 위하여 연결법인간의 거래에 대하여도 적용할 필요가 있으나 양도손익이연자산의 거래에 대하여는 양수법인이 양수한 자산을 처분하는 등의 사유로 인하여 양도손익이 손익금에 산입되는 때 적용되도록 하여야 한다.
일곱째, 합병 등으로 인한 주식소멸이익은 그 경제적 실질이 주식양도차익에 해당하는 것인 데 이를 익금에 산입하지 아니하는 것은 불합리하므로 연결과세소득 계산 시 포함하도록 하여야 한다.
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