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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
Neha Samir Roy (강원대학교) 이성일 (한국원자력연구원) Kabwe Nkongolo (Laurentian University) 김남수 (강원대학교)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.40 No.5
발행연도
2018.1
수록면
511 - 519 (9page)

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The Betulaceae family comprises two subfamilies, Betuloideae and Corylaceae. The subfamily Betuloideae contains two genera, Alnus Mill. and Betula L. Twenty putative long terminal repeat (LTR) retrotransposons were mined from 171 scaffolds containing 5,208,995 bp of dwarf birch (Betula nana) genome sequences. Five retrotransposons were finally selected after filtering the retrotransposon canonical features and nucleotide similarities between left and right LTR sequences. Of the five retroelements, three elements were found to be Ty1/Copia retrotransposons; identity of the other two elements could not be ascertained due to sequence undetermined ‘N’ bases in the sequence database. Inter-retrotranposon amplified polymorphism (IRAP) analysis, based on the LTR sequences of the mined LTR-retrotransposons, produced 179 discernible IRAP bands among the Alnus and Betula genera. Sequence analysis revealed no size homoplasy among the homologous IRAP bands. Phylogenetic and principle coordinate analysis, based on the band sharing among the taxa, showed the species in two different genera were clearly separated. The subgenera in each genus of Alnus and Betula were also distinguishable from the IRAP profiles. In the genus Betula, the species in subgenus Betula showed mixed clustering between species. This is incongruent with the phylogeographical distribution of the species.

목차

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참고문헌 (44)

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Ashburner K / 2013 / The genus Betula: a taxonomic revision of birches / Kew Publishing google schola Atkinson MD / 1992 / Betula pendula Roth (B. verrucosa Ehrh.) and B. pubescens Ehrh / J Ecol 80:837~840 Crossref Bennett MD / 2011 / Nuclear DNA amounts in angiosperms: targets, trends and tomorrow / Ann Bot 107:467~590 Crossref Bennetzen JL / 1997 / Do plants have a one-way ticket to genome obesity? / Plant Cell 9:1509~1514 Crossref Benson DR / 1993 / Biology of Frankia strains, actinomycete symbionts of actinorhizal plants / Miocrobiol Rev 57:293~319 google schola

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