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일본의 감염병 대응에 대한 지식과 의료 자원의 수준을 고려할 때 코로나 사태에 대한 일본의 “초기”대응은 성공적이지 못하였다. 일본의 경우 위기에 개입하는 행위자 사이에서 협력적 관계 등을 구축하는 데 어려움을 겪어 의료자원을 충분히 동원하지 못하였다. 우선, 의사결정 과정에서 명확한 컨트롤타워가 없어서 의사결정이 명확히 이루어지지 않았다. 총리관저⋅관료⋅의사회⋅전문가 집단 간 영역 및 우선순위에 대한 분쟁은 원활한 코로나 사태 대응을 방해하였다. 둘째, 거버넌스의 제도적 설계는 민관의 협력을 이끌어 내기 어렵게 되어 있었다. 초기 PCR 검사권한을 중앙정부가 독점하여 민간에 정보가 제대로 제공되지 않아 PCR 대량검사 체제를 조기에 구축하는 데 실패하였으며 진단검사나 양성환자 입원 기준 등도 유연하게 설정되지 않았다. 마지막으로 일본 내 주요행위자들은 PCR 검사의 필요성 등 문제해결을 위한 큰 방향성에 대한 컨센서스를 형성하지 못하여 협력관계를 구축하는 데 어려움을 겪었다.
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