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학술저널
저자정보
Jihoon Shin (Seoul National University College of Medicine) Shinae Park (Kangwon National University) Jung‑Shin Lee (Kangwon National University) Eun‑Jin Lee (Korea University) Hong‑Duk Youn (Seoul National University College of Medicine)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.42 No.3
발행연도
2020.1
수록면
273 - 281 (9page)

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Background Streptomyces seoulensis has contributed to the discovery and initiation of extensive research into nickel superoxide dismutase (NiSOD), a unique type of superoxide dismutase found in actinomycetes. Still so far, there is no information about whole genome sequence of this strain. Objective To investigate complete genome sequence and perform bioinformatic analyses for genomic functions related with nickel-associated genes. Methods DNA was extracted using the Wizard Genomic DNA Purification Kit then sequenced using a Pacific Biosciences SMRT cell 8Pac V3 DNA Polymerase Binding Kit P6 with the PacBiov2 RSII platform. We assembled the PacBio longreads with the HGAP3 pipeline. Results We obtained complete genome sequence of S. seoulensis, which comprises a 6,339,363 bp linear chromosome. While analyzing the genome to annotate the genomic function, we discovered the nickel-associated genes. We observed that the sodN gene encoding for NiSOD is located adjacent to the sodX gene, which encodes for the nickel-type superoxide dismutase maturation protease. In addition, several nickel-associated genes and gene clusters-nickel-responsive regulator, nickel uptake transporter, nickel–iron [NiFe]-hydrogenase and other putative genes were also detected. Strain specific genes were discovered through a comparative analysis of S. coelicolor and S. griseus. Further bioinformatic analyses revealed that this strain encodes at least 22 putative biosynthetic gene clusters, thereby implying that S. seoulensis has the potential to produce novel bioactive compounds. Conclusion We annotated the genome and determined nickel-associated genes and gene clusters and discovered biosynthetic gene clusters for secondary metabolites implying that S. seoulensis produces novel types of bioactive compounds.
#Streptomyces seoulensis · Complete genome sequence · Nickel superoxide dismutase

목차

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참고문헌 (36)

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Ahn BE / 2006 / Nur, a nickel-responsive regulator of the Fur family, regulates superoxide dismutases and nickel transport in Streptomyces coelicolor / Mol Microbiol 59:1848~1858 google schola Atherton JC / 2006 / The pathogenesis of Helicobacter pylori-induced gastro-duodenal diseases / Annu Rev Pathol 1:63~96 google schola Aziz RK / 2008 / The RAST server : rapid annotations using subsystems technology / BMC Genom 9:75 google schola Bentley SD / 2002 / Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2) / Nature 417:141~147 google schola Boer JL / 2014 / Nickel-dependent metalloenzymes / Arch Biochem Biophys 544:142~152 google schola

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