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자료유형
학술저널
저자정보
최종순 (한국기초과학연구원) 박윤환 (고려대학교) 김수현 (한국기초과학연구원) 박주성 (한국기초과학연구원) 최윤이 (고려대학교)
저널정보
한국환경생물학회 환경생물 환경생물 제38권 제3호
발행연도
2020.1
수록면
424 - 432 (9page)

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The present study aimed to analyze the metaproteome of the microbial community comprising harmful algal bloom (HAB) in the Daechung reservoir, Korea. HAB samples located at GPS coordinates of 36°29’N latitude and 127°28’E longitude were harvested in October 2013. Microscopic observation of the HAB samples revealed red signals that were presumably caused by the autofluorescence of chlorophyll and phycocyanin in viable cyanobacteria. Metaproteomic analysis was performed by a gelbased shotgun proteomic method. Protein identification was conducted through a two-step analysis including a forward search strategy (FSS) (random search with the National Center for Biotechnology Information (NCBI), Cyanobase, and Phytozome), and a subsequent reverse search strategy (RSS) (additional Cyanobase search with a decoy database). The total number of proteins identified by the two-step analysis (FSS and RSS) was 1.8-fold higher than that by one-step analysis (FSS only). A total of 194 proteins were assigned to 12 cyanobacterial species (99 mol%) and one green algae species (1 mol%). Among the species identified, the toxic microcystin-producing Microcystis aeruginosa NIES-843 (62.3%) species was the most dominant. The largest functional category was proteins belonging to the energy category (39%), followed by metabolism (15%), and translation (12%). This study will be a good reference for monitoring ecological variations at the meta-protein level of aquatic microalgae for understanding HAB.
#metaproteome #harmful algal bloom #Daechung reservoir #one & #amp # two-step analysis #forward search strategy #reverse search strategy

목차

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참고문헌 (36)

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Blaha L / 2009 / Toxins produced in cyanobacterial water blooms - toxicity and risks / Interdiscip. Toxicol 2:36~41 google schola Cargile BJ / 2004 / Potential for false positive identifications from large databases through tandem mass spectrometry / J. Proteome Res 3:1082~1085 google schola Giovannoni SJ / 2005 / Proteorhodopsin in the ubiquitous marine bacterium SAR11 / Nature 438:82~85 google schola Hanson BT / 2014 / Metaproteomic survey of six aquatic habitats: discovering the identities of microbial populations active in biogeochemical cycling / Microb. Ecol 67:520~539 google schola Heisler J / 2008 / Eutrophication and harmful algal blooms: A scientific consensus / Harmful Algae 8:3~13 google schola

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