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Thaspiviridae 과에 포함된 Nitrosopumilus 감염 방추사 형태 바이러스(NSV)는 암모니아 산화 고균(ammonia oxidizing-archaea, AOA)을 감염시킨다. 본 연구에서는 NSV의 단백질 프라이머-의존 DNA 중합 효소 B (pPolB) 유전자에 특이적인 primer를 이용한 semi-nested-PCR 기법을 개발하였다. 대부분의 환경(75%) 시료에서 NSV-like pPolB 유전자가 증폭됨을 통하여 NSV가 해양, 토양, 온천 생태계에 존재한다는 것을 확인하였다. PCR 증폭된 유전자 라이브러리의 분석 결과 pPolB 유전적 다양성이 낮았으며, 97% 유사성 기준으로 오직 20개의 OTU만이 존재하는 것을 보여주었다. 또한, 우점하는 몇 개의 OTU는 상이한 환경에 공존하는 것을 알 수 있었다. 이 결과는, AOA가 존재하는 다양한 환경에 NSV가 널리 퍼져 있음을 보여주고 있다.
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Abby SS, Melcher M, Kerou M, Krupovic M, Stieglmeier M, Rossel C, Pfeifer K, and Schleper C. 2018. Candidatus Nitrosocaldus cavascurensis, an ammonia oxidizing, extremely thermophilic archaeon with a highly mobile genome. Front. Microbiol. 9, 28.
Ahlgren NA, Chen Y, Needham DM, Parada AE, Sachdeva R, Trinh V, Chen T, and Fuhrman JA. 2017a. Genome and epigenome of a novel marine Thaumarchaeota strain suggest viral infection, phosphorothioation DNA modification and multiple restriction systems. Environ. Microbiol. 19, 2434‒2452.
Ahlgren NA, Fuchsman CA, Rocap G, and Fuhrman JA. 2019. Discovery of several novel, widespread, and ecologically distinct marine Thaumarchaeota viruses that encode amoC nitrification genes. ISME J. 13, 618‒631.
Ahlgren NA, Ren J, Lu YY, Fuhrman JA, and Sun F. 2017b. Alignmentfree oligonucleotide frequency dissimilarity measure improves prediction of hosts from metagenomically-derived viral sequences. Nucleic Acids Res. 45, 39‒53.
Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet CC, Al-Ghalith GA, Alexander H, Alm EJ, Arumugam M, Asnicar F, et al. 2019. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat. Biotechnol. 37, 852‒857.
Ahlgren NA, Chen Y, Needham DM, Parada AE, Sachdeva R, Trinh V, Chen T, and Fuhrman JA. 2017a. Genome and epigenome of a novel marine Thaumarchaeota strain suggest viral infection, phosphorothioation DNA modification and multiple restriction systems. Environ. Microbiol. 19, 2434‒2452.
Ahlgren NA, Fuchsman CA, Rocap G, and Fuhrman JA. 2019. Discovery of several novel, widespread, and ecologically distinct marine Thaumarchaeota viruses that encode amoC nitrification genes. ISME J. 13, 618‒631.
Ahlgren NA, Ren J, Lu YY, Fuhrman JA, and Sun F. 2017b. Alignmentfree oligonucleotide frequency dissimilarity measure improves prediction of hosts from metagenomically-derived viral sequences. Nucleic Acids Res. 45, 39‒53.
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