Fluorescence Quenching Causes Systematic Dye Bias in Microarray Experiments Using Cyanine Dye

Jeon, Ho-Sang; Choi, Sang-Dun

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자료유형: 학술저널

저자정보: Jeon, Ho-Sang (Department of Molecular Science and Technology, Ajou University) Choi, Sang-Dun (Department of Molecular Science and Technology, Ajou University)

저널정보: 한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제5권 제3호

발행연도: 2007.1

수록면: 113 - 117 (5page)

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The development of microarray technology has facilitated the understanding of gene expression profiles. Despite its convenience, the cause of dye-bias that confounds data interpretation in dual-color DNA microarray experiments is not well known. In order to economize time and money, it is necessary to identify the cause of dye bias, since designing dye-swaps to reduce the dye-specific bias tends to be very expensive. Hence, we sought to determine the reliable cause of systematic dye bias after treating murine macrophage RAW 264.7 cells with 2-keto-3-deoxyoctonate (KDO), interferon-beta $(IFN-{\beta})$, and 8-bromoadenosine (8-BR). To find the cause of systematic dye bias from the point of view of fluorescence quenching, we examined the correlation between systematic dye bias and the proportion of each nucleotide in mRNA and oligonucleotide probe sequence. Cy3-dye bias was highly correlated with the proportion of adenines. Our results support the fact that systematic dye bias is affected by fluorescence quenching of each feature. In addition, we also found that the strength of fluorescence quenching is based on not only dye-dye interactions but also dye-nucleotide interactions as well.

#DNA microarray #dye bias #fluorescence quenching #cyanine dye #gene expression

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Jeon, Ho-Sang

소속기관 Department of Molecular Science and Technology, Ajou University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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Choi, Sang-Dun

소속기관 Department of Molecular Science and Technology, Ajou University

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